Nico111

Pas clef /serrure mais collage ou non, partiel ou total. Quand à un collage non spécifique oui, potentiellement n'importe quelle amorce peut se fixer sur quelque chose de non spécifique. Fondamentalement oui ça peut arriver mais ça dépend de la séquence de l'amorce, si la séquence est conservée entre l'homme et l'animal etc.....tu peux même mais pour des gènes extrêmement conservés (c'est rare) amplifier une séquence de levure avec une amorce faite pour l'ADN humain. Mai sça c'est de la théorie, en pratique si l'appariement n'est pas parfait entre l'amorce et l'ADN ou ARN tu vas fair sauter cet appariement en augmentant la température d'hybridation lors de la PCR et là c'est souvent radical. Ensuite si tu appliques cela à la détection d'un agent infectieux (car j'imagine que c'est ça ) ton contrôle négatif avec cellules non infectées est là pour te dire si c'est spécifique.

On a déjà fait un topic là dessus non ? En tout cas sur la méthode PCR je disais que ce n'est pas la méthode qui est en cause mais comment tu l'utilises (quelles amorces, leur longueur , température d'hybridation etc......) Pour ce qui est de la reconnaissance de l'amorce avec la séquence à détectée (ADN ou ARN) ce n'est pas ce que j'appèle un système de reconnaissance clef/serrure mais plutôt collage. En effet si tu fait une PCR sur un extrait d'ADN avec disons des amorces qui font 5 bases tu sortiras tout est n'importe quoi car ce n'est pas assez long et donc spécifiques. Pour avoir le plus de chance d'amplifier uniquement ce que tu cherches il faut des amorces d'au moins disons 12 nucléotides (par example moi avec un extrait d'ARN de cellules infectées j'utilise des amorces qui hybrident avec 16 nucléotides sur la séquence que je recherche, avec le réglage de témpérature adéquate je n'obtiens qu'une bande qui correspond à ce que je cherche et rien en contrôle avec de l'ARN de cellules non infectées). Bref la PCR ou RT-PCR est spécifique avec les bonnes amorces et les bons réglages mais (comme toute expérience) ça nécessite les bon réglages et les bons contrôles. J'ai été surement pas clair du tout pour beaucoup c'est technique je sais mais si quelqu'un veut de précisions ne pas hésiter à demander.

Que cherche tu à savoir avec cet article? Parce que ce que tu me demandes est , il me semble un peu différent de savoir comment ils produisent les virus. De ce que j'ai lu (en diagonal je l'avoue !) je conclue que Nef aurait peut être une action différente : - dans les cellules primaires lymphocytaires activées (là peu importe si nef est là, la réplication est fortement activée) et non activées (là si nef n'est pas fonctionnelle pas de réplication du virus) . Donc là nef essentielle pour que le virus se multiplie dans les cellules en latence. - comportement différent entre les cellules primaires et les HeLa (cellules de carcinome utérin humain) : ils disent que normalement le même phénotype est observé (même taux de réplication et infectivité etc....) entre ces deux lignées. Moi je trouve bizarre de comparer ces deux lignées qui n'ont strictement rien à voir. En plus ces cellules HeLa sont utilisées seulement pour produire le virus apparement, l'important c'est d'étudier les véritables cellules cibles du VIH. Bref, si je suppose bien, tu te demandes si ces observations sont dues au fait que les virus produits avec ou sans les nef veulent dire quelque chose, que ce n'est pas n'importe quoi ? Ca me semble correct ce qu'ils font. Si tu ne considères que le virus sauvage le comportement est normal, après les autres c'est juste une étude du rôle d'une protéine virale alors qu'on est des variations ou des choses bizarres ou dans l'autre, dans un sens heureusement ! Un virus qui garde une protéine qui ne sert à rien ça n'existe pas vraiment à mon avis. Après, que le comportement soit différent en fonction des cellules ça me parait grandement possible vu que les HeLa sont un peu des bêtes de cirque et sont très différentes des lymphocytes primaires, mieux vaut être le plus proche de la réalité. En tout cas (et là je me fais l'avocat du diable), il y a l'air d'avoir pas mal de références avec des virus VIH bien isolés et tous beau. Les 2 publis que tu as le montrent bien. Je n'ai pas lu les autres, faut voir. Attention bien sur ces virus ne proviennent pas directement de sang infecté mais ça montre que cette information génétique est capable de coder pour une entité virale qui se multiplie et qui est cohérente en taille etc.... Après on peut me dire que c'est bricolé à partir de HTLV I ou truc comme ça mais les séquences sont quand même plutôt différentes. PS: dans la publi que tu as donnée en référence certains virus dont le sauvage peuvent se multiplier dans les lignées primaires sans activation . Etonnant non ? je ne pensais pas qu'on pouvait obtenir une réplication élevée sans stimulation.

Désolé Cheminot j'ai un peu laché le truc en ce moment, je n'ai pas beaucoup de temps. J'ai lu le lien que tu m'a donné et effectivement on ne sait pas dans ces études qui a réelement été en contact avec une personne contaminée mais au vu des résultats, on pourrait conclure que moins de personnes deviennent séropositives si elles passent sous traitement juste après exposition. Ce que j'ai constaté c'est l'extrême prudence dans le texte , ils disent bien "might" donc ils n'affirment pas que ce type de traitement marche dans tous les cas de figures. d'ailleurs, ce qu'ils décrivent comme résultats ne sont pas très clairs au niveau efficacité, dès fois c'est mieux, d'autre fois ça ne fait rien.....En tout cas ça ne change pas mon opinion qui est que je ne suis pas d'accord avec le raisonnement de Wallypat : il y a moins de séroconvertion (au pire autant) si on prend le traitement juste après. après la problème du faible taux de transmission c'est autre chose. Quant au problème de l'isolation du VIH , bourgeonnement etc..... que pense tu des 2 publis cheminot ? Plutôt net comme résultat non ? Problème, ca ne raisout pas le problème de savoir si c'est ce qu'on les personnes malades puisque qu'apparement il ne parte pas de sang mais d'une transfection d'ADN codant pour le virus pour faire un stock. La seule chose c'est que ça à l'air d'être une entité plutôt coherente qui peut se multiplier. la situation est surement différente dans le corps, est ce que ça explique le problème des vésicules, de la taille hétérogène des particules virales, de l'impossibilté de directement le purifier à partir du sang car pas assez en grande quantité ? Ils précisent bien en tout cas que le virus est extrêment fragile et que les vésicules contaminent tout si on laisse trop longtemps l'infection ( plus de 24h je crois) mais bon.....

Je crois qu'on arrivera pas à s'entendre sur ce point ! Mais ce n'est pas parce que c'est révoltant que je ne vais pas l'accepter, je n'ai aucun a priori, si je trouve que les arguments sont valables j'adhère à la théorie, le tout est de pouvoir trancher et là c'est beaucoup plus dur. Les isolations du VIH comme celles de Bess etc... n'étaient pas convaincantes mais le dernière parue Briggs JA, Grunewald K, Glass B, Forster F, Krausslich HG, Fuller SD. Related Articles, Links Abstract The Mechanism of HIV-1 Core Assembly: Insights from Three-Dimensional Reconstructions of Authentic Virions. Structure. 2006 Jan;14(1):15-20. est nettement meilleure. Il ya aussi des trucs intéressants sur l'autre que tu as , notamment l'explication des quantités énormes de vésicules qu'on voyait avant. Bon par contre c'est produit sur cellules MT4 qui apparement sont des cellules HTLV I carrying cells ??? Je n'ai pas vu d'emploi de PHA ou autres pour la culture mais ils disent "co-culture " alors bon ....... à creuser.

Alors je me lance je vais essayer de mieux expliquer mon point de vue. J'interprête ce qu'ils disent "diminution de 80% du risque de transmission" par : un individu qui a eu un rapport avec une personne contaminée a 0,05% de rique d'avoir été contaminée et que sans traitement il va être infecté , le virus va se développe blablabla. Si après le rapport il prend le traitement (juste après), le risque de développement de la maladie est 0,05%*0,2. OK ? Donc oui le traitement va empe^cher le virus de se multiplier et il va être éradiqué car il n'a pas eu le emps en quelques jours de se multiplier suffisament donc la personne ne développera pas l'infection. Ceci n'a rien à voir avec l'instauration d'un traitement alors que la personne est déjà infectée depuis un moment et le virus est déjà installé et présent dans les sites non accessibles aux cellules immunitaires etc.......donc là les traitement ne font que bloquer sa réplication c'est tout, le virus n'est pas éradiqué comme dans le premier cas. Voilà la théorie "officielle" comme je le pensais.

Je vais passer pour un gars qui travaille un max à force de poster des mails toutes les 2 secondes ! Je comprends ton étonnement vu que dans l'article de la BBC la personne dit que la taille varie d'un rapport 1 à 4 !!!!!! Là c'est délirant je ne comprends pas d'où ça sort, maisj'ai lu rapidos l'article qu'ils ont publiés et je ne vois nul part ce rapport . La taillle des virus isolés (sur une moyenne de 70 environ) est de 108 à 183 avec une moyenne de 125 nm +- 14 donc rien d'anormal. Ce qui semble plus hétérogène c'est la morphologie de ce qu'on appele le core : la structure interne contenant le génome. Là une partie des virions n'a pas vraiment cette forme de cône mais bon je ne vois nul par ce rapport 1 à 4 en taille..... Faut que je lise plus précismément.

Heuuu tu veux me rendre dingue hein ? . Je rigole.... Je ne suis encore un fois pas d'accord , vous prenez le raisonnement à l'envers il me semble. Je posterai mon point de vue un peu plus tard. Juste pour dire vite fait : Là je te dis non, le génome code pour les protéines c'est tout, ensuite ce sont les propriétés des protéines et leurs interactions avec la cellules qui déterminent leur nombre dans le virion.

Ben.....désolé je dois être un peu bouché en ce moment mais je ne suis toujours pas d'accord. Dans l'article cité de wallypat ils disent que le traitement préventif diminue les risques de contamination de 80% donc si une personne a un rapport avec un personne contaminée elle a : - sans traitement 0,05% d'avoir été contaminée - avec traitement 0,05%*0,2 risque d'avoir été contaminée. Quant à la structure 3D du virus oui c'est délirant , je vais jeter un oeil par contre tu extrapoles un peu vite en disant que le génome est forcément plus grand. Ca n'a pas de rapport.

Bon wallypat, désolé mais je ne suis pas en accord avec ton raisonnement. tu dis"pour affirmer que ce risque est réduit de 80%, comment font-ils ? A ma connaissance, ils comptent le nombre de personnes qui ont pris ce traitement « post-exposition » et à la fin du « traitement »". Le seul moyen de dire qu'on diminue de 80% la contamination en prenant un traitement, c'est de compter combien de personnes qui ont eu un rapport avec une personne contaminée sont devenues séropositives malgrè le traitement. Le point dingue c'est plutôt le taux ridicule de 0,05% de risque de contamination par rapport.

Ahh super, je désespérais de trouver quelqu'un qui ressentait la même chose que moi !

Vrai pour l'industrie et certainement sur certains gros sujets mais une immense majorité travail dans l'ombre et sans beaucoup d'argent et pourtant ils arrivent à faire de belles choses. Quant au "n'ont pas le droit d'y toucher " c'est faux , mais en pratique il faut trouver l'argent ce qui sera dure voir impossible (au final je sais ça revient au même !). La plupart des chercheurs ne cherchent pas à gagner de l'argent , faudrait vraiment être dingue pour croire qu'on fera fortune en étant chercheur.

Tu pars toujours d'un postulat que tu décrètes vrai pour faire une expérience donc au sein de ce référentiel tu peux ennoncer des certitudes, affirmations , vérités, ce que tu veux. Tout cela n'empêche pas d'expliquer certaines choses biologiques ou autres.

Je voulais simplement dire que en soi je ne pense pas que cette phrase détruira le paradigme officiel, il n'y aura à mon avis aucun echo particulier. Jamais dis ça. j'ai dit pas efficace, rien à voir. Encore une fois pas du tout ce que je disais : j'ai dit qu'un vaccin par exemple avec cet épitope rapporterait beaucoup, je ne parlais pas du test.

Pourquoi ? Une infection ne donne pas 100% de mort ou absolument rien. Chacun peut répondre différement avec la plupart du temps une majorité qui répond pareil.

C'est bizarre car le R7V a été découvert il y a longtemps : cf publi : Haslin C, Chermann JC. Related Articles, Links Abstract Anti-R7V antibodies as therapeutics for HIV-infected patients in failure of HAART. Curr Opin Biotechnol. 2002 Dec;13(6):621-4. Review. Galea P, Le Contel C, Chermann JC. Related Articles, Links Abstract A novel epitope R7V common to all HIV-1 isolates is recognized by neutralizing IgG found in HIV-infected patients and immunized rabbits. Vaccine. 1999 Mar 17;17(11-12):1454-61. C'est étonnant d'ailleurs que cette découverte ne fait qu'un article dans Vaccine, c'est une bonne revue mais ça ne casse pas des briques. Alors que normalement le développement des médocs anti sida va très vite, là c'est plutôt long. C'est pourtant l'idéal de trouver une cible constante contre un pathogène qui permet de le toucher à tous les coups. Ils en font seulement maintenant un test diagnostic alors qu'il serait logique de foncer pour faire un traitement style vaccin contenant ce morceau de protéine à reconnaitre. Alors ? Anticorps qui sont produits pas efficaces ? Tuer la poule aux oeufs d'or (mais si ça marche la première industrie à le sortir se fera un fric dingue pour longtemps) ? etc......... Le dernier article dessus c'est ça : Xu X, Xing H, Gong W, Chen H, Si C, Wang Y, Chermann JC. Related Articles, Links Abstract [Preliminary investigation on the relation between clinical progress and anti-small monomolecular peptides antibody in individual infected with HIV] Zhonghua Shi Yan He Lin Chuang Bing Du Xue Za Zhi. 2002 Sep;16(3):286-7. Chinese. PMID: 12665943 [PubMed - indexed for MEDLINE] c'est donc paru dans Zhonghua Shi Yan He Lin Chuang Bing Du Xue Za Zhi !!!!!!!!!!!!!!!!!??????????????????? pige pas bien. Je ne sais pas à quoi ça correspond mais c'est pas fameux alors pas efficace le R7V ?

Je confirme : HIV c'est 9 gènes. Ce qui a été dit en 1990 est donc périmé !

J'ai cherché un peu rapidement et pour l'instant je trouve tout le temps que HIV a 9 gènes : * gag (coding for the viral capsid proteins) * pol (notably, coding for reverse transcriptase) * (NB. gag and pol together can be expressed in one long strand called "gag-pol") env (coding for HIV's envelope-associated proteins) * env * And the regulatory genes: tat * rev * nef * vif * vpr * vpu (N.B. not present in HIV-2) * vpx (N.B. not present in HIV-1) Je ne sais pas en 1990 mais maintenant ça me semble établi. Je vais regarder dans la "référence" : le fields virology.

De toute façon je ne trouve pas très logique de mettre trois analogues nucléosidiques agissant de la même manière sur le virus.....

J'en lis et j'ai appris des choses intéressantes ici qui m'ont fait changer d'avis ou m'interroger sur certaines choses mais c'est très loin de remettre en cause ce que je pensais et ce que j'ai appris. Je n'ai pas peur que les choses soient remis en cause et si j'ai tort et bien soit j'accepte et je pense que beaucoup le ferait aussi.

Ah oui c'est vrai, magnifique expérience quand on sait qu'il faut une dose énorme de bactéries pour s'infecter et que la maladie est développée dans seulement environ 10% des cas et qu'en plus les personnes touchées sont celles pauvres dénutries etc.....ce que ce professeur était bien sur. Certains labos qui travaillait sur le choléra pipetait les solutions de virus à la bouche , c'est dire que l'expérience de cette personne est concluante.

Aixur ne lache jamais le morceau ! c'est bien mais j'ai peur qu'à la fin tu sois déçu ! Je vais essayer de te répondre mais on va devoir être un peu plus technique. C'est ......ça oui . Pour préciser, 8 segments ça correspond à la grippe mais c'est moins de segments mais ça revient au même, même principe. De plus ce sont des virus à ARN , pas à ADN mais afin de faire exprimer ces ARN viraux dans les cellules on fait rentrer dans les cellules des ADN (appelés plasmides ) qui vont exprimer ces ARN après transcription. Don con peut refaire du virus si on apporte les ADN codant pour le génome viral et codant aussi pour les protéines virales indispensables. Si on omet ou si un des ADN qui doit exprimer un des segments d'ARN ne code pour rien alors pas de virus. La technique c'est celle là développée pour Bunyamwera (proche de mon virus) et je précise que je l'ai expérimentée moi même : Lowen AC, Noonan C, McLees A, Elliott RM. Related Articles, Links Abstract Efficient bunyavirus rescue from cloned cDNA. Virology. 2004 Dec 20;330(2):493-500. Non je ne fais pas après avoir reconstitué par cette technique du virus , d'étude en microscopie éléctronique pour le fait d'abord que c'est super lour et chère et que surtout une fois les anticorps spécifiques préparés et qui marchent en WB, ELISA , Immunofluorescence et que on a les séquences pour amplifier le génome par RT PCR on n'a plus besion de faire de microscopie à part si bien sur on étudie quelque chose qui le nécessite comme la maturation et la sortie du virus (voir la référence que je te donne sur Bunyamwera et sa maturation qui est gratos à lire ). Les papiers de caractérisation du virus sont archi vieux faut que je regarde mais regarde Bunyamwera , moi c'est proche : Salanueva IJ, Novoa RR, Cabezas P, Lopez-Iglesias C, Carrascosa JL, Elliott RM, Risco C. Related Articles, Links Free in PMC Polymorphism and structural maturation of bunyamwera virus in Golgi and post-Golgi compartments. J Virol. 2003 Jan;77(2):1368-81. Les images sont chouettes. effectivement quand je refais du virus par cette technique, j'ai une soupe au départ mais j'ai plein de technique pour l'isoler et le caractériser : WB, ELISA, immunofluorescnce, observation de l'effet délètere pour la cellule avec un simple microscope (les cellules se mettent en suspension et s'arrondissent) , RT PCR etc....Ca suppose bien sur qu'au départ on a bien isolé le virus et caractérisé ses protéines et pas celles cellulaires mais les contrôles cellulaires sont là et pour moi c'est clair: tout est négatif en contrôle. Non mais tous les tests cités au dessus sont négatifs en contrôle. Non la seule différence c'est que un des ADN code pour rien tout le reste est strictement identique. Attention tu interprêtes mal ce que j'ai dit : Sur ce fameux gel TOUTES les protéines sont révelées par un réactif spécifiques des protéines (en pratique seules les protéines présentes en grande quantité sont détectées) MAIS ce n'est pas SPECIFIQUE D'UNE SEULE PROTEINE. Donc qu'est ce qui te permet de dire que les 3 bandes qui migrent à des poids moléculaires de 24 et X et Y sont bien les protéines virales ???? Rien . Mais d'autre part qu'est ce qui te permet de dire que ces 3 bandes sont présentes en faible quantité dans le contrôle car c'est n'est pas SPECIFIQUE. Tu as plein de protéines partout. Ma seule conlusion c'est : dans les puits infectés , on a 3 protéines qui sont présentes en grande quantité , un point c'est tout. Impossible de faire ire plus tant que l'on ne fait pas un WB avec es anticorps spécifiques , c'est ce que demandait le groupe de Perth. Mais affirmer seulement à partir de ce gel que ces 3 bandes sont aussi présentes dans le contrôle est faux archi faux car tu ne peux identifier aucune protéine. Je n'ai pas de WB sous la main comme ça mais voilà une immunofluorescence avec des anticorps spécifiques contre la nucléoprotéine virale : d'abord le contrôle négatif : pas de fluorescence verte (les cellules sont marquées en rouge) puis la culture avec virus : tout vert: Non non non la technique de RT PCR est extrêment fiable mais comme toute technique il faut employer les bonnes conditions. En utilise pour amplifier les ARN viraux des petit morceaux d'ADN (appelés amorces) qui s'hybrident à l'ARN viral. En général 14 nucléotides c'est suffisant. Ensuite on fait la RT-PCR avec deux amorces spécifiques (si elles ne le sont pas forcément tu détecteras des bandes dans le contrôle ou tu n'aura rien). Et dans toute cette soupe bien sur que j'ai des choses spécifiques qui ne sortent que quand c'est infecté. Je peux même amplifier un segment viral en entier (un fait plus de 6000 nucléotides) en une seule fois. Bien sur on utilise les paramêtres qu'il faut comme une température d'hybridation pendant la PCR telle que seule l'amorce peut hybrider à ces ARN. Je ne détaille pas car ç'est compliqué quand on ne connait pas mais si tu veux de détails. En tout cas cette technique est hyper fiable, tout comme le WB, ELISA etc.....le problème c'est si au départ ce que tu as utilisé pour faire les anticorps et ce que tu as séquencé c'est bien du virus et pas quelque chose de la cellules. Les contrôles sont là pour ça.

Oui j'aimerais vraiment lire cet article de Lanka. Au fait il fait quoi exactement parce qu'à part 3 publis, plus rien après 95. Désolé mais je vais peut être être un peu méchant mais bon on va dire à prendre au second degré ! En gros sur le site http://www.neue-medizin.com/lanka2.htm il nous dit que la grippe, ébola et tout n'ont pas été isolés (oups ça ma fait penser que je ne t'ai pas donné de référence pour la grippe Aixur, désolé en ce moment je suis plutôt occupé). Soit pour HIV et rétro à voir mais pour la grippe je rigole. En gros à part ses 3 pauvres publi sur Ectocarpus siliculosus virus (vous connaissez ? pas moi !!!!!!!!!!!) y'a rien depuis 10 ans. Il s'est mis comme expert auprès des autorités ? Bon effectivement s'il dit maitenant que les virus n'existent pas ça va être dur de publier. Comment alors peut il donner un avis objectif sur la grippe alors ? Ahhhhhh comme vous le dites les chercheurs sont vraiment à la rue ! Je vais essayer de vous répondre pour le WB, ELISA Aixur et Cheminot mais je n'aurai du temps que ce WE. Au fait on a perdu celui qui bossait sur HIV, dommage.

En ce qui concerne le diagnostic ELISA et le problème de la valeur seuil avec la mesure de l'absorbance il me semble qu'on ne peut pas obtenir une valeur nulle pour une personne "négative". En effet, la valuer de 0 est attribuée au réactif sans echantillon de patient. Quand on met en plus le sérum d'un patient, il y a forcément une augmentation de l'absorbance de part le matériel contenu dedans. Après le problème c'est le seuil négatif/positif. Un de nos technicien a développé des tests ELISA pour de nombreux virus depuis plus de 20 ans, je vais lui demander ce type de renseignements. Aixur, avec un WB tu identifes la protéine et en même temps tu obtiens son poids moléculaire car on fait migrer en même temps des protéines de poids moléculaires connus. Quant au fait que p24 c'est de la myosine, je ne pense pas que cette protéine soit exprimées dans les cellules sanguines ni présente dans le sérum. Ce qui est frustrant c'est que des manips de contrôle comme vous les voudriez seraient très faciles à faire.

Je parle bien du WB pour HIV. Le problème ne vient pas de ceux qui interprêtent mais de ce que détecte la technique. ceux qui interprêtent ne sont pas ceux qui ont mis la technique au point donc celui qui interprête doit "faire confiance" au test employé.