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> **[SIDA] : le "VIH" ne cause pas le SIDA ** 2/3, Topic unique, deuxième partie
Cardel
Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 16h22 
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QUOTE (Cheminot @ Vendredi 18 Novembre 2005, 17:22)
Caractéristique des lentivirus? Voire. On peut simplement dire que ces particules apparaissent dans le sperme de personnes ayant subi un stress oxydatif.

Ben oui, caractéristique des lentivirus. On peut clairement voir les structures habituelles de la membrane entourant la nucléocapside conique. 4-spamafote.gif

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QUOTE
Là encore, pas de problème avec l'hypothèse du stress oxydatif, qui implique la formation d'ARN particulier à partir d'ARNs humain (voir infra)

Même avec la meilleure volonté du monde, je ne peux pas envisager une seconde qu'un stress oxidatif génère les mutations nécessaires au niveau du DNA pour parvenir à la transcription d'un ARN de 9000 bp spécifique, en considérant de plus toutes les conditions nécessaires à déclencher cette transcription. Que ces mutations se reproduisent en plus à l'identique chez des millions de personnes, c'est tellement collossalement improbable que c'en est drôle.
Et ces ARNs ne peuvent pas se former à partir d'ARNs humain, ces séquences n'existant pas chez l'humain. Et quand bien même ils proviendraient de la transcription de DNA endogène, ils ne pourraient en aucun cas provenir de la séquence de K-Rev (l'homologue d'HIV-1 Rev chez HERV-K) car d'une part ce n'est qu'une seule protéine et pas un génome complet et d'autre part, comme le montre l'article dont tu tires ça, ce gène est un homologue fonctionnel et pas séquentiel, ce qui est très différent.

QUOTE
In this manuscript, we show that at least some members of the HERV-K family of endogenous human retroviruses encode a nuclear RNA export factor that is mechanistically similar to the Rev protein found in HIV-1 and other lentiviruses
QUOTE
Cela irait plutôt dans le sens d'une maladie non virale, puisque normalement, la RT du virus devrait créer cet ADN d'HIV1, et le primer d'ADN supposé HIV1 devrait être polymérisé en présence de la polymérase.

Il serait extrêmement étrange de trouver du DNA proviral dans ces lysats de spermatozoïdes étant donné qu'HIV-1 n'infecte pas les spermatozoïdes, mais se réplique dans les lymphocytes. Ce contrôle exclut donc encore plus l'hypothèse de DNA endogène muté.

QUOTE
mais si on lit le § "production and titration of the viral stock, il est bel et bien indiqué que ces cellules C8166 T ont été infectées avec du "virus" contenant les mêmes stimulants de croissance. Donc la solution qui les contient comporte également de la PHA.

Certes, mais lorsqu'on incube les spermatozoïdes sains avec les C8166 T infectés, on ne transfère pas le milieu de culture avec, les cellules sont purifiées et contenues dans une solution neutre, généralement du PBS. On peut donc exclure ici les effets supposés de la PHA.

QUOTE
Et pourtant c'est bien ce qu'on lit dans l'abstract de Milton :

QUOTE
Murine lymph node cells heated to 45 degrees C for 1 h or 56 degrees C for 15 min lost their ability to provoke a primary cytotoxic alloantibody response, though they were able to provoke a secondary response in animals primed with normal lymph node cells two months previously. The primary immunogenicity of whole blood and spleen cell preparations was destroyed by 56 degrees C but not by 45 degrees C treatment.


et le titre est bien
QUOTE
The alloimmunogenicity of heated blood and lymphoid cells.

Ben oui, ce qu'il dit ici est que lorsqu'on injecte du matériel biologique étranger chez un animal on provoque normalement une réponse immunogène (rien de plus normal), et qu'au contraire les cellules sanguines et hépathiques chauffées perdent leur capacité à induire une réponse immonogène chez l'hôte. Rien à voir donc avec une quelconque transmission de maladie alloimmune par le sang ou quoi que ce soit du genre...

QUOTE
Et puis rappelle-toi ce qu'a dit Montagnier le 8 décembre 2003 à Bruxelles :

QUOTE
Enfin un des problèmes majeurs non totalement résolu de la pathogénèse du Sida, reste l'explication de la mort massive des lymphocytes T4. Contrairement à ce que l'on croyait il y a quelques années, cette disparition, qui existe dès la période asymptomatique, n'est pas due à l'infection directe des cellules par la souche virale, qui est alors peu cytopathogène, mais à des mécanismes indirects touchant les cellules CD4+ non infectées; celles-ci ont une propension à mourir d'apoptose, comme d'ailleurs les cellules CD8+. En fait, toutes les sous-populations immunitaires sont touchées par ce phénomène, bien que ce soient les CD4+ qui disparaissent en nombre. Un des médiateurs de cette apoptose est l'existence d'un fort stress oxydant caractérisé par une prévalence de molécules oxydantes (radicaux libres) sur les défenses antioxydantes de l'organisme: ainsi le taux de glutathion oxydé est-il très élevé, de même que celui des LDL (Low density lipoproteins) oxydées.


Et il a parfaitement raison. D'ailleurs la majeure partie des infections virales provoquent des apoptoses de cellules étant donné que c'est un des mécanisme de défense naturel du corps pour se défendre contre les infections virales. Dans le cas de l'infection hiv, ce mécanisme se retourne malheureusement contre l'hôte à long terme.
De plus la présence de ce stress oxidatif n'est vraiment pas surprenante étant donné que le mécanisme de l'apoptose fait intervenir de bonnes quantités de ROS lors de la destruction des mitochondries.

QUOTE
Le génome du "vih" est strictement absent du génome humain? Détrompe-toi, car c'est précisément ce qu'a montré l'équipe de Cullen de l'Université Duke :

Un virus proche du vih fait partie du génom humain

Oh, tu me diras, le titre ne correspond pas tout-à-fait à ce que je viens de dire plus haut...mais il faut bien que le journaliste demeure "politiquement correct".

Tu as mal interprété les résultats de cet article, comme expliqué plus haut. Le génome de HIV est effectivement absent du génome humain.
Politiquement correct? Un peu de sérieux s'il te plaît. Le lien de la publication originale est fourni plus haut, tu constateras qu'il n'y a pas lieu d'être "politiquement correct" ou quoi que ce soit...

QUOTE
Mais tout ADN est théoriquement transcrit en ARN, non? Sinon les virus à ADN ne pourraient pas faire synthétiser leurs protéines par le labo des cellules.

Tout ADN est théoriquement transcrit en ARN? Certainement pas. Seule une minueure partie de l'ADN est transcrit, et pour cela il lui faut une pléthore de séquences régulatrices, qui n'ont pas pour habitude d'arriver là pile au bon endroit par magie.

QUOTE
Mais rien d'autre que ce que je viens de dire... leur mère a été rendue malade par tout ce qui présente un stress oxydatif... par exemple les drogues récréatives (poppers, cocaïne, objet de recherche de l'INSERM qui a bel et bien montré qu'elle induisait un stress oxydatif). Comme cette maladie alloimmune se transmet, il n'y a pas de raison que le gamin ne soit pas peu ou prou touché... mais on constate tout de même que très souvent, les anticorps disparaissent après 18 mois.

Je ne savais pas que les femmes éthiopiennes avaient un accès aussi facile au poppers ou à la cocaïne. M'étonne pas qu'elles soient pauvre si tout leur fric passe dans la drogue...
Sinon j'attends encore une référence valable concernant cette hypothétique transmission de maladie alloimmune via un stress oxidatif. Le stress oxidatif est quelque chose d'assez commun au niveau biologique (et pas seulement chez les drogués, quelle idée...), tu ne devrais pas avoir de mal des études ayant observé ce genre de cas...

QUOTE
Pour le mot "tests à limites", je vois que tu ne sais pas comment ils fonctionnent. Je suis passé dans plusieurs labos d'analyse médicale pour voir des stagiaires, et j'ai bien vu qu'il n'existait aucun sérum présentant une absorbance nulle après le traitement immunochimique standard. Par exemple, certains fabricants donnent une limite (cut'off) de 0,3, en fonction de la méthode qu'ils ont promu, et les "séronégatifs" avaient un DO comprise entre 0,1 et 0,25. Les "séropositifs" avaient une DO comprise entre 0,7 et 1,5.

Je pense que c'est toi qui ne comprend pas bien cette technique. Il est impossible de mesurer une absorbance nulle, à part en faisant passer le rayon dans le vide. Dès que le rayon passe dans un échantillon il y a de toute façon une abosrbance basale, quelle que soit la chose qu'on mesure et la longueur d'onde. C'est pouqruoi on utilise des blanks. De même, de par la nature de la technique et du matériel utilisé, une part résiduelle d'anticorps reste de toute manière lié, ce qui donne cette valeur basale des ilaisons non spécifiques. La technique de l'ELISA a fait ses preuves depuis très très longtemps, va falloir te lever tôt pour convaincre qu'elle ne marche pas...

QUOTE
Simplement, dans le cas des premiers, on peut estimer que le stress oxydatif qu'ils ont subi est tellement important qu'il a fait apparaître ces anticorps, et surtout qu'il risque de conduire la personne au tombeau à plus ou moins longue échéance.

Jusqu'à dernier avis, le stress oxidatif ne déclenche pas la production d'anticorps. La production d'anticorps à besoin d'un épitope contre lequel développer l'anticorps, sinon on ne développe rien.

QUOTE
En tous cas, merci de m'avoir répondu avec autant de diligence et d'argumentaire.

Pas de quoi. Par contre pour la diligence j'ai peur de ne pas avoir assez de temps à disposition pour suivre cette conversation. J'essayerai du moins, même s'il s'écrit trois pages le temps que je place un message...
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Cardel
Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 16h29 
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Pour celui qui parlait de la grande variabilité génétique entre les différentes souche du VIH, je n'ai pas bossé directement dessus.
Par contre j'ai eu l'occasion de travailler sur le développement d'un test de détection des papillomavirus et j'ai pu constater des différences de séquences au niveau nucléotidique de l'ordre de 30 à 40% entre certaines souches. Les différences au niveau des séquences protéiques étant par contre beaucoup plus faible. Ce qui s'explique par le fait que plusieurs codons peuvent coder pour le même acide aminé. Et tant qu'une mutation ne fait pas changer la séquence protéique on dit qu'elle est silencieuse et de nombreuses mutations silencieuses peuvent s'accumuler au fil du temps jusqu'à donner des génomes qui semblent de prime abord très variables.
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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 16h36 
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Chercheur de quoi déjà ?
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Cheminot

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L'ARN ou l'ADN "viral" n'utilise pas la machinerie cellulaire, c'est elle qui le transforme.


Je ne vois pas ce que tu veux dire vraiment, pour les rétrovirus la machinerie cellulaire est indispensable puisque c'est elle qui transcrit l'ADN viral intégré dans le génome de la cellules en ARN viraux.

Quant au fait que les médicaments peuvent provoquer des mutations dans les génomes viraux bien sur (voir la
ribavirine contre l'hépatite C). Mais ce n'est pas la seule cause de mutations du virus car il le fait par lui même car sa polymérase n'est pas fidèle c'est là qu'apparaissent aussi les mutations. Par exemple, ils viennet d'isoler des H5n1 qui sont naturellement résistants au tamiflu. Autre exemple : tu cultives un virus sur des cellules humaines puis tu le cultive sur un autre type différent (moustique etc....) et tu observes petit à petit des mutations du virus et qu'il va de mieux en mieux se multiplier dans les nouvelles cellules. Il s'adapte mécaniquement car il introduit des mutations aléatoirement dans son génome et que quand celles ci donnent un avantage et bien c'est celles là qui sont sélectionnées. Il n'y a pas lieu de penser que le virus fait celà de manière ciblée comme s'il "pensait". Bien sur il y a aussi la pression des défenses de l'organisme qui effectuent aussi une sélection des virus résistants.
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rosalie
Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 18h36 
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Pour le mot "tests à limites", je vois que tu ne sais pas comment ils fonctionnent. Je suis passé dans plusieurs labos d'analyse médicale pour voir des stagiaires, et j'ai bien vu qu'il n'existait aucun sérum présentant une absorbance nulle après le traitement immunochimique standard. Par exemple, certains fabricants donnent une limite (cut'off) de 0,3, en fonction de la méthode qu'ils ont promu, et les "séronégatifs" avaient un DO comprise entre 0,1 et 0,25. Les "séropositifs" avaient une DO comprise entre 0,7 et 1,5.

Je pense que c'est toi qui ne comprend pas bien cette technique. Il est impossible de mesurer une absorbance nulle, à part en faisant passer le rayon dans le vide. Dès que le rayon passe dans un échantillon il y a de toute façon une abosrbance basale, quelle que soit la chose qu'on mesure et la longueur d'onde. C'est pouqruoi on utilise des blanks. De même, de par la nature de la technique et du matériel utilisé, une part résiduelle d'anticorps reste de toute manière lié, ce qui donne cette valeur basale des ilaisons non spécifiques. La technique de l'ELISA a fait ses preuves depuis très très longtemps, va falloir te lever tôt pour convaincre qu'elle ne marche pas...


Tu es en train de dire (si je comprends bien) qu'il est impossible de mesurer une absorbance nulle.
Donc pour faire le test on fixe une limite qui en dessous correspond à l'absorance résiduelle due
à la technique et au dessus à celle d'une véritable réaction.
Mais pourtant la mesure de l'absorbance lié à la technique peut varié elle aussi par exemple passé de 0,1 à 0,25
Il y a des tests qui sont autour de 0,3 donc on va les refaire par ce que 0,3 n'est pas interprétable, mais qu'est ce qui explique cette variation en dessous du seuil
et pourquoi si on emploi toujours la meme technique elle n'est pa la même pour tous les échantillons, donc c'est l'échantillon qui la fait varié.
Ca me semble semble assez empririque comme méthode

QUOTE

QUOTE
Le génome du "vih" est strictement absent du génome humain? Détrompe-toi, car c'est précisément ce qu'a montré l'équipe de Cullen de l'Université Duke :

Un virus proche du vih fait partie du génom humain

Oh, tu me diras, le titre ne correspond pas tout-à-fait à ce que je viens de dire plus haut...mais il faut bien que le journaliste demeure "politiquement correct".

Tu as mal interprété les résultats de cet article, comme expliqué plus haut. Le génome de HIV est effectivement absent du génome humain.



On peut interpréter dans le sens que l'on veut. Franchement cet article pose plutot question par rapport à la thèse officielle




QUOTE

Désolé, je sais que je devrais pas, mais j'ai vraiment éclaté de rire, merci pour ce moment de détente..


Sauf si ta mère avait bouffé trop de médicaments pendant sa grossesse, c'est ce qui est arrivé à Terry. Les problèmes liés à la surconsommation des médicaments sont plus qu'importants mais c'est un autre débat.

Ce message a été modifié par rosalie le Mercredi 23 Novembre 2005 18h38
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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 22h57 
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Je pense que c'est toi qui ne comprend pas bien cette technique. Il est impossible de mesurer une absorbance nulle, à part en faisant passer le rayon dans le vide. Dès que le rayon passe dans un échantillon il y a de toute façon une abosrbance basale, quelle que soit la chose qu'on mesure et la longueur d'onde. C'est pouqruoi on utilise des blanks. De même, de par la nature de la technique et du matériel utilisé, une part résiduelle d'anticorps reste de toute manière lié, ce qui donne cette valeur basale des ilaisons non spécifiques. La technique de l'ELISA a fait ses preuves depuis très très longtemps, va falloir te lever tôt pour convaincre qu'elle ne marche pas...


absolument pas d'accord.
L'étalonnage se fait de la manière suivante : on utilise deux témoins, l'un censé provenir d'une personne non "infectée", l'autre d'une personne "infectée" à un certain niveau (ne pas oublier que même chez les séropositifs, il y a des gradations dans la DO, et donc, selon les documents fournis par les constructeurs eux-même, des gradation dans la gravité de l'affection).
On attribue d'office le zéro à la DO du premier, et une valeur définie par le fabricant pour le second.
Puis on rajoute un index à la DO censée représenter le zéro, en indiquant que au dessous de cet index, on n'est pas séropositif.
Donc un peu de sérieux, ces absorptions ne représentent absolument pas le bruit de fond, c'est en fait ce que tu as envie de croire...ou qu'on t'a fait croire. Mais cela ne tient pas la route devant une bonne explication de physicochimie toute simple...


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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h06 
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Jusqu'à dernier avis, le stress oxidatif ne déclenche pas la production d'anticorps. La production d'anticorps à besoin d'un épitope contre lequel développer l'anticorps, sinon on ne développe rien.


tu m'as certainement compris, mais tu décris ce que je dis par un raccourci osé : le stress oxydatif modifie les séquences de l'ARN, fait apparaître des codons différents qui encodent pour des acides aminés différents (ou identiques d'ailleurs), des codons stops là où il n'y en avait pas, etc... Donc des protéines anormales se forment, qui sont perçues comme du non soi, et les anticorps apparaissent.

Mais c'est vrai, vous n'acceptez pas que ce mécanisme endogène puisse exister, puisque cela remet en cause tout ce que vous avez appris. Mais fouillez un peu la chimie détaillée de tout ceci, au lieu de modéliser avec les "hélices", des "flèches"... il me semble que vous péchez par manque d'approfondissement de la structure et de la réactivité de toutes ces protéines.


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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h07 
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QUOTE (rosalie @ Mercredi 23 Novembre 2005, 18:25)
Tu es en train de dire (si je comprends bien) qu'il est impossible de mesurer une absorbance nulle.


Du moment que le rayon traverse un élément matériel, une partie sera absorbée. L'importance de la partie dépendra de la nature de la matière traversée. C'est incontournable.

QUOTE

Donc pour faire le test on fixe une limite qui en dessous correspond à l'absorance résiduelle due
à la technique et au dessus à celle d'une véritable réaction.
Mais pourtant la mesure de l'absorbance lié à la technique peut varié elle aussi par exemple passé de 0,1 à 0,25
Il y a des tests qui sont autour de 0,3 donc on va les refaire par ce que 0,3 n'est pas interprétable, mais qu'est ce qui explique cette variation en dessous du seuil
et pourquoi si on emploi toujours la meme technique elle n'est pa la même pour tous les échantillons, donc c'est l'échantillon qui la fait varié.

Je n'ai très franchement ni le temps ni l'envie de faire un tutorial sur les avantages et les limitations du test ELISA. Je suggère donc pour ceux dont ce n'est pas déjà le cas de vous familiariser avec les principes de la technique. Genre ici: ELISA ou ici avec un tutorial plus spécifique pour HIV relativement facile d'accès: ELISA HIV

Sinon c'est un travail pédagogique de titan, auquel je n'ai nulle intention de me soumettre, n'ayant pas cette fibre pardonnez moi.

QUOTE
Ca me semble semble assez empririque comme méthode

Comme la quasi intégralité de la physique, chimie et biologie, pour ne citer que ceux-ci. Mais je comprends qu'on puisse s'en méfier, on était tellement mieux dans nos grottes...

QUOTE
On peut interpréter dans le sens que l'on veut. Franchement cet article pose plutot question par rapport à la thèse officielle

Non, on ne peut pas interpréter dans le sens qu'on veut. Ce n'est pas un essai littéraire ou de la poésie pour midinette, c'est un article scientifique. Article dans lequel il est clairement explicite que le gène présent dans le gènome humain produit une protéine présentant une homologie fonctionnelle avec une protéine de HIV et pas une homologie de séquence. Point barre. Ca ne remet absolument pas une seconde en question la "thèse officielle" (rien que le terme "thèse officielle me hérisse le poil d'ailleurs, mais bon ça reste un point de détail).

QUOTE
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Désolé, je sais que je devrais pas, mais j'ai vraiment éclaté de rire, merci pour ce moment de détente..


Sauf si ta mère avait bouffé trop de médicaments pendant sa grossesse, c'est ce qui est arrivé à Terry. Les problèmes liés à la surconsommation des médicaments sont plus qu'importants mais c'est un autre débat.

Et c'est bien ce que je dis, c'est moche de rire. Mais quand bien même sa mère serait une giraffe plutonienne, ça n'enlève pas qu'une énormité de cet acabit fait franchement sourire...
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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h13 
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Il s'adapte mécaniquement car il introduit des mutations aléatoirement dans son génome et que quand celles ci donnent un avantage et bien c'est celles là qui sont sélectionnées.


D'accord pour la sélection de mutations qui "marchent". Mais que ce soit le virus qui introduit lui-même ces mutations est chimiquement un non-sens, car il ne possède pas les enzymes le permettant (dans la mesure où ces enzymes lui seraient propre). Seule la machinerie cellulaire le peut, et, très certainement pour moi, les substances chimiques capables de provoquer ces mutations. Ce n'est certainement pas une protéase à sérine qui sera capable de provoquer ce genre de mutation.


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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h14 
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QUOTE (Cheminot @ Mercredi 23 Novembre 2005, 22:46)
Donc un peu de sérieux, ces absorptions ne représentent absolument pas le bruit de fond, c'est en fait ce que tu as envie de croire...ou qu'on t'a fait croire.

J'ai fait tellement d'ELISA que je n'arriverais même plus à les compter. Pas directement avec HIV certes, mais les résultats obtenus ont tout à fait le même type de profil. Alors je t'en prie, fais moi plaisir, explique moi comment ça marche vraiment, parce que ces méchants messieurs de l'industrie m'ont fait croire des choses fausses j'en ai peur...

QUOTE
Mais cela ne tient pas la route devant une bonne explication de physicochimie toute simple...

Que tu vas t'empresser de me fournir, j'en salive d'avance...
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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h19 
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que je viens de donner... veux-tu dire!

Il ne s'agit pas pour moi de remettre en cause la technique d'immunofluorescence utilisée. Je l'ai aussi étudiée, mais c'est l'étalonnage qui ne suit pas les règles de la plus élémentaire physicochimie.

Ce message a été modifié par Cheminot le Mercredi 23 Novembre 2005 23h23


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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h24 
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LE DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DU VIH

L'infection par le VIH entraîne une réponse immunitaire qui fait apparaître des anticorps dirigés contre toutes les protéines virales :
la présence d'anticorps anti-VIH est le témoin de l'infection : un individu qui les possède est déclaré séropositif.
Le diagnostic sérologique s'opère en deux étapes :
1° : le test de dépistage : y a-t-il des anticorps ?
2° : la confirmation du test : s'agit-il bien d'anticorps anti-VIH ?

Première étape : le test de dépistage
L'apparition des anticorps demande un certain temps...
Un certain temps s'écoule entre la contamination par le virus et l'apparition des anticorps. Pendant cette période, le sujet contaminé est infectieux mais la sérologie est négative.
Cette période est appelée la "fenêtre sérologique" : plus les techniques de détection s'améliorent plus la fenêtre sérologique diminue : actuellement, la fenêtre sérologique est de 22 jours en moyenne (avec des écarts de 6 à 38 jours).

On conçoit le problème d'un don de sang effectué pendant cette période sérologiquement muette

Le test de dépistage
dans un dépistage, il est important d'éviter des résultats faussement négatifs : on utilise pour cette raison, une technique sensible
La recherche des anticorps anti-VIH se fait à l'aide d'une technique ELISA (Enzyme-linked Immunosorbent assay) :
􀁣 des antigènes viraux (protéines d'enveloppe et de capside) sont fixés au fond d'une petite cupule.
􀁤 on ajoute le sérum à tester : si celui-ci contient des anticorps spécifiques, ils sont "capturés" par les antigènes.
􀁥 on révèle la fixation des anticorps spécifiques du virus en ajoutant un anticorps anti-Ig humaine (de chèvre) auquel une enzyme a été accrochée (un "anti-anticorps" marqué).
􀁦 on ajoute le substrat de l'enzyme : l'hydrolyse du substrat par l'enzyme génère une coloration dont on apprécie l'intensité.

on pratique en même temps une réaction avec des sérums "témoins" positifs et négatifs.

Deux tests différents sont pratiqués sur le même sérum dont l'un d'eux doit permettre le dépistage des anticorps anti-VIH-1 et anti-VIH-2 :
- si la recherche est négative, on en reste là.
- si la recherche est positive, on passe à la 2ème étape.


Deuxième étape : la confirmation du test
pour confirmer un test, il est important d'éviter des résultats faussement positifs : on utilise pour cette raison, une technique spécifique.
Le test de confirmation vérifie que les anticorps détectés par le test de dépistage sont bien spécifiques du VIH. En effet, un test de dépistage peut révéler des anticorps non spécifiques et ce test est donc faussement positif.
1. le test de confirmation n'est pas pratiqué si les tests de dépistage sont négatifs.
2. tout dépistage positif, douteux ou discordant (un seul test positif sur les deux pratiqués) doit être confirmé.
3. il est recommandé d'effectuer le test de confirmation sur un prélèvement différent de celui du test de dépistage.

Le test de confirmation : le Western-blot
􀁣 après fragmentation d'une culture de virus, les protéines virales sont séparées par électrophorèse en gel d'agarose dans lequel elles vont migrer en fonction de leur poids moléculaire : les grosses molécules (gp 160, gp 120) migrant moins facilement que les petites (gp 41, p 17).
􀁤 on transfère les protéines séparées en "buvardant" le gel (to blot = buvarder) avec une feuille de nitrocellulose. Cette feuille est découpée en bandelettes.
􀁥 on immerge une bandelette dans un petit bac contenant le sérum à contrôler : si ce sérum contient des anticorps spécifiques du VIH, ils se fixent aux antigènes.
􀁦 la fixation des anticorps est révélée par une technique ELISA identique à celle utilisée pour le test de dépistage : on ajoute un anticorps anti Ig humaines marqué par une enzyme puis le substrat de cette enzyme. Une bande colorée apparaît pour chaque protéine virale sur laquelle s'est fixée un anticorps.

Critères de positivité du W-B définis par l'OMS
Le W-B doit révéler au moins deux bandes correspondant aux produits du gène env, (pour VIH-1 : les produits de ces gènes sont gp 160, gp 120, gp 41), et ceci quelle que soit la réactivité des bandes correspondant au produit des gènes gag ou pol.

1° - chez un sujet séropositif, le Western-blot est "complet" : il met en évidence des anticorps dirigés contre l'ensemble des protéines virales.

2° - l'apparition de bandes colorées ne correspondant pas aux critères d'un W-B positif définit un W-B indéterminé. Ceci peut traduire :
• une séroconversion en cours pour le VIH-1 : elle sera affirmée par l'examen d'un nouveau sérum prélevé après un délai de 2 à 4 semaines au cours duquel les anticorps spécifiques vont atteindre un taux détectable.
• une infection par le VIH-2 : qui devra être confirmée par un test spécifique de ce virus (ELISA et W-B).
• une réactivité non spécifique : si, sur un autre prélèvement pratiqué 2 à 4 semaines plus tard et à fortiori 2 à 3 mois plus tard, le profil du W-B reste identique, il s'agit d'une réactivité non spécifique : il n'y a pas d'infection par le VIH.


Autres tests pour le diagnostic biologique

• la recherche de l'antigène P 24
La protéine P 24 est la protéine majeure de la capside du VIH.
Dans le cas d'une personne présentant un syndrome de primo-infection symptomatique, la détection de l'antigène P 24 peut être intéressante car elle est positive pendant la phase sérologiquement muette.
L'antigénémie se négative dès la séroconversion : les anticorps anti-P 24 se fixent à l'antigène pour former des complexes immuns (Ag-Ac) qui sont éliminés.
L'antigène P 24 réapparaît au stade du Sida avéré, mais cet examen, autrefois considéré comme un marqueur de la réplication virale, est devenu à ce stade, inutile et déconseillé.

• les techniques de dépistage combiné
Elles sont capables de détecter simultanément les Ac anti-VIH-1/2 et l’Ag P24. Dans la période très précoce de séroconversion, ces techniques sont globalement plus sensibles que les simples techniques sérologiques classiques

en réduisant la fenêtre sérologique de 2 à 5 jours. Elles peuvent constituer l’une des 2 techniques de dépistage.

• l'isolement du virus en culture
L'isolement du virus est une technique longue et difficile, qui n'est pas utilisée en routine.
Elle est réservée au diagnostic de l'infection chez le nouveau-né de mère infectée :
en effet, tous les nouveau-nés de mère séropositive sont séropositifs car les anticorps maternels ont franchi la barrière placentaire. Leur présence empêche le diagnostic sérologique de l'infection d'un nouveau-né.
La recherche s’effectue sur les cellules mononucléées du sang placées en coculture avec des cellules d’un donneur négatif en présence de phytohémagglutinine et d’IL2.
La présence du virus est détectée par la mise en évidence de l’Ag P 24 ou d’une activité transcriptase inverse dans le surnageant du milieu de culture.

• la détection du matériel génétique viral
On procède par amplification génique à l’aide de sondes spécifiques des séquences les plus conservées (gag et pol).
On peut rechercher, soit les séquences intégrées (l'ADN proviral cellulaire), soit l’ARN virionique après rétrotranscription (RT-PCR)..
Cette technique tend à remplacer la culture du virus dans le diagnostic d'une infection à VIH chez le nouveau-né de mère infectée.

• l’appréciation de la résistance aux antiviraux
Résistance phénotypique : par mesure en culture cellulaire (long et coûteux)
Recherche de mutations associées à la résistance aux antiviraux : par amplification génique avec des sondes spécifiques du type sauvage ou muté.
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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h27 
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forlax, tout cela c'est du vieux, de rabâché, du relu... mais ne répond pas à nos questions. Cela fait longtemps que le groupe de Perth, et les autres critiques ont analysé ces textes, que Rodney Richards, un des pionniers des tests Elisa sur le VIH, les a farouchement reniés.


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Cardel
Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h28 
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QUOTE (Cheminot @ Mercredi 23 Novembre 2005, 22:55)
tu m'as certainement compris, mais tu décris ce que je dis par un raccourci osé : le stress oxydatif modifie les séquences de l'ARN, fait apparaître des codons différents qui encodent pour des acides aminés différents (ou identiques d'ailleurs), des codons stops là où il n'y en avait pas, etc... Donc des protéines anormales se forment, qui sont perçues comme du non soi, et les anticorps apparaissent.

Je persiste et signe: il est profondément naïf de suggérer qu'un agent mutagène, aussi puissant soit-il, est capable de générer l'apparition ex nihilo de 9000 bp de génome fonctionnel exprimant des protéines structurelles et des enzymes fonctionnelles, et ce non pas par un hasard statistique majeur chez une personne, mais de manière quasi identique chez des millions de personnes de par le monde et sur plusieurs dizaines d'années. Enfin!

Et je m'épargnerai les commentaires sur qui pêche par manque d'approfondissements de certaines notions de bases. Il serait temps d'arrêter de croire qu'on peut aborder la biologie moderne en dilettante.
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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h29 
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QUOTE
La recherche s’effectue sur les cellules mononucléées du sang placées en coculture avec des cellules d’un donneur négatif en présence de phytohémagglutinine et d’IL2


comme quoi, c'est toujours le même problème qui resurgit : Quel est l'index?


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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h32 
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La biologie n'est pas intéressante : elle modélise de trop.
Ce qui m'intéresse, c'est la biochimie.


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Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h34 
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QUOTE (Cheminot @ Mercredi 23 Novembre 2005, 23:21)
La biologie n'est pas intéressante : elle modélise de trop.
Ce qui m'intéresse, c'est la biochimie.

C'est bien que ça t'intéresse, c'est mon cas aussi.
Mais dans le domaine de la vie la seule approche valable est une approche holistique.
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Forlax
Ecrit le : Mercredi 23 Novembre 2005 23h40 
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Je me suis permis de mettre une partie d'un cours ci dessus (désolé si c'est un peu long) pour ceux que ca intéresse. Ca date de 2000 et je ne peux pas vous assurer à 100% que c'est réellement suivi comme protocole mais y a quand même des points importants quant à la fiabilité des tests diagnostiques :

- En ce qui concerne le test Elisa, il semble que comme il est écrit ci dessus, on teste en même temps que le sérum du patient des sérums témoins positif et négatif. Si cela est avéré, ca règle la question du "seuil pas fiable" non?

- Ce protocole admet tout à fait l'existence de faux positifs et faux négatifs et les explique. Un patient mécontent suscpectant un faux positif peut je pense redemander un test diagnostic et s'il est effectué dans le même labo et toujours positif, c pas une erreur de manip tout de même??? (dans une autre partie du document que j'ai posté ils préconisent d'ailleurs de se faire suivre par le même labo pour éviter ces erreurs de "calibration" des tests).

- Pour les vrais paranos qui pensent que les labos vous envoient les résultats du test sans les faire véritablement et juste en fonction de vos facteurs de risques (pour vous vendre des médicaments évidemment malice.gif ), y a moyen de se faire dépister gratuitement et anonymement, sans donner aucune info il me semble ( en tout cas je l'ai déja fait).
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Ecrit le : Jeudi 24 Novembre 2005 10h01 
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QUOTE (Cardel @ Mercredi 23 Novembre 2005, 23:17)
QUOTE (Cheminot @ Mercredi 23 Novembre 2005, 22:55)
tu m'as certainement compris, mais tu décris ce que je dis par un raccourci osé : le stress oxydatif modifie les séquences de l'ARN, fait apparaître des codons différents qui encodent pour des acides aminés différents (ou identiques d'ailleurs), des codons stops là où il n'y en avait pas, etc... Donc des protéines anormales se forment, qui sont perçues comme du non soi, et les anticorps apparaissent.

Je persiste et signe: il est profondément naïf de suggérer qu'un agent mutagène, aussi puissant soit-il, est capable de générer l'apparition ex nihilo de 9000 bp de génome fonctionnel exprimant des protéines structurelles et des enzymes fonctionnelles, et ce non pas par un hasard statistique majeur chez une personne, mais de manière quasi identique chez des millions de personnes de par le monde et sur plusieurs dizaines d'années. Enfin!

Et je m'épargnerai les commentaires sur qui pêche par manque d'approfondissements de certaines notions de bases. Il serait temps d'arrêter de croire qu'on peut aborder la biologie moderne en dilettante.

C'est pourquoi nous pensons que la séropositivité élevée, puis le sida, sont essentielement multifactoriels. Ce ne peut être un seul facteur oxydant qui est à la source de la maladie, mais un ensemble de phénomènes, qui tous augmentent ce "stress oxydatif". Ma propre hypothèse est d'ailleurs que ce stress oxydatif est provoqué par les composés possédant un azote lié à un atome plus électronégatif que le carbone. Ces composés entraînent invariablement l'apparition de peroxynitrites qui sont les responsables premiers de l'apoptose cellulaire. Plusieurs publications vont dans ce sens.

En ce qui concerne la variabilité du génome en question et de sa découverte quasi identique chez les personnes séropositives, voici du grain à moudre, tiré de http://www.virusmyth.net/aids/data/epreplypd.htm :

où justement, Papadopoulos & al. montrent qu'on ne trouve jamais le même génome.


QUOTE
One of the strongest held views in biology is the belief that nucleic acids have an inherent ability of instructing their own synthesis and that nucleic acids cannot be synthesised in the absence of a nucleic acid template. Manfred Eigen and his colleagues in Germany conducted extensive theoretical and experimental work on molecular self-replication.(139) In their experimental work they used the bacterial virus (phage) Qá. In addition to its genome, a simple strand RNA molecule of 4500 nucleotides, the virus has an RNA molecule of 220 nucleotides known as "Spiegelman's minivariant" which, like the genomic RNA, is reproduced in cell-free laboratory systems by an enzyme called Qá replicase. By mixing Mg2+ ions, the nucleoside triphosphates ATP, GTP, UTP, CTP, Qá replicase and template RNA, they could obtain RNA replication but a totally unsuspected finding was that even the absence of the template, RNA was still synthesised. They performed many experiments to prove this phenomenon and to exclude the possibility of the presence of an initial RNA template and concluded, "Finally we were convinced we had before us RNA molecules that had been synthesised de novo by the Qá replicase enzyme. What was most puzzling, the de novo product had a uniform composition which in each trial turned out to be similar to or even identical with Spiegelman's minivariant". When the template free mixture was then divided into several isolated compartments where optimal conditions for de novo synthesis were maintained they found that "each component had a uniform population of de novo product, the products differed from compartment to compartment. Further analysis revealed however that the different sequences were not completely unrelated...There was a definite, uniform final product for any set of experimental conditions, but here were as many different optimal products as there were different experimental conditions. One of the optimal products appeared to be Spiegelman's minivariant...Other products of optimization were adapted to conditions that would destroy RNAs, such as high concentrations of ribonuclease, an enzyme that cleaves RNA into pieces...Some variants were so well adapted to odd environments that they had a replication efficiency as much as 1000 times that of variants adapted to a normal environment...Any RNA formed by noninstructed chemistry would be reproduced by template-instructed chemistry at a rate proportional to the current RNA concentration. The result would be exponential growth. Furthermore, even if only a single template were formed initially by noninstructed synthesis, there would soon be a host of different sequences because errors (point mutations, insertions and deletions) would inevitably be made in the course of replication. Hence in each generation there would be not only a larger number of RNA strands but also a greater variety of RNA sequences. What would happen then? Some of the mutants would be copied more rapidly than others or would be less susceptible to errors in copying, and their concentration would increase more rapidly. Sooner or later these faster-growing mutants would take over...Hence the results of the self-replication competition had to be the master sequence together with a huge swarm of mutants derived from it and from which it had no way of escape...We call this entire mutant distribution a quasispecies. It is the quasispecies mutant distribution that survives the competition among self-replicating RNAs and not just one master sequence or several equivalent ones that are the fittest genes in the distribution. The essence of selection them is the stability of the quasispecies".(140) According to Eigen and his colleagues, the maximum length of an RNA master sequence is of the order of 10,000 nucleotides.(139,141)

139. Eigen M, Schuster P. The hypercycle. Die Naturwissenschaften 1977;64:541-565.

140. Eigen M, Gardiner W, Schuster P, et al. The origin of genetic information. Sci Am 1981;224:78-94.

141. de Duve C. Blueprint for a cell: The nature and orign of life. Burlington, North Carolina, USA: Neil Patterson Publishers, 1991.



et

QUOTE
That the "HIV DNA" may be "Even more divergent" than has been generally accepted is best illustrated in a study published this year by researchers from the United States. Because protease inhibitors are becoming the drugs of choice for the treatment of "HIV infected" individuals, and because "naturally occurring mutations in HIV-1 infected patients have important implications for therapy and the outcome of clinical studies", these researchers performed a "sequence analysis of the pr gene [protease gene] in 167 HIV-1 viral strains from 102 protease inhibitor naive patients collected from different geographic regions of the United States". "Given the enzyme's relative small size and the constraints in it structure imposed by function, it was reasonable to conclude that sequence variability in HIV-1 would be limited". To their surprise it was found that "A total of 41% of the nucleotides and 49.5% (49/99) of the amino acids were variable. The amino acid diversity seen in these USA viral isolates is much greater than that previously reported for HIV-1 clade B viruses" and is also greater than that seen in pr genes for all HIV-1 clades (40 out of 99, 40% of amino acids varying"!(170) At present, more so than in 1986 when Gallo and colleagues reached their conclusion that "The rate of genetic changes for the AIDS virus is more than a million fold greater than for most DNA genomes and may even be tenfold greater than for some other RNA viruses including certain retroviruses and influenza A virus", and in 1989, when the Pasteur researchers reached their conclusion that "the task of defining HIV infection in molecular terms will be difficult", there is no evidence which proves the existence of a unique molecular entity "HIV RNA" ("HIV DNA"). In fact, there are a number of reasons why the myriads of incommensurable "HIV DNAs" cannot be even described "in terms of populations of closely related genomes, referred to as a quasispecies".(153) These include: (a) Eigen and his colleagues developed the quasispecies model to describe the distribution of self-replicating RNAs. However, the "HIV RNA", is said not to be a self replicating RNA, but replicates through a DNA intermediate; (b) the self-replicating RNA of the RNA viruses appears to "demonstrate remarkable stability in some situations. The type 3 Sabin poliovirus vaccine differed from its neurovirulent progenitor at only 10 nucleotide positions after 53 in vitro and 21 in vivo passages in monkey tissues. In 1977, H1N1 influenza A virus reappeared in the human population after 27 years of dormancy with sequences mainly identical to those of the 1950s virus". Although Eigen's quasispecies model has been used to describe the genome of RNA viruses, even 1% sequence differences in these genomes are considered to represent "extreme variability". "Many selective forces may stabilize virus populations. These stabilizing factors may include the need for conservation of protein structure and function, RNA secondary structure, glycosylation sites, and phosphorylation sites. Even third-codon changes can be subject to selective pressures. Recently, remarkable conservation of certain protein domain sequences has been observed between completely unrelated RNA viruses.(171) It is possible then to describe the "HIV DNA" even if it has variation of 10% , not to mention 20 or 30 or 40% as is the case, as a "population of closely related genomes, referred to as a quasispecies"?; © Defining the concept of a quasispecies Eigen wrote: "In the steady state that is eventually reached the best competitor, designated the master sequence m, coexists with all mutant sequences derived from it by erroneous copying. We designate this distribution of sequences as quasispecies". However, to date, nobody has proven that: (i) there is an "HIV" quasispecies which is ever in equilibrium; (ii) the "closely related HIV genomes" are derived from a master sequence; (iii) a master sequence has ever existed.

153. Meyerhans A, Cheynier R, Albert J, et al. Temporal fluctuations in HIV quasispecies in vivo are not reflected by sequential HIV isolations. Cell 1989;58:901-910.

170. Kozal MJ, Shah N, Shen N, et al. Extensive polymorphisms observed in HIV-1 clade B protease gene using high-density oligonucleotide arrays. Nat Med 1996;2:753-759.

171. Steinhauer DA, Holland JJ. Rapid evolution of RNA viruses. Annual Review of Microbiology 1987;41:409-433.



Pire, il a même été montré que la détermination informatisée de la structure de la P41 à partir du génome qui lui est attribué conduit à une protéine de 53 kg/mol, au lieu des 41 kg/mol attendus. Ce genre d'étude conduit à des résultats bien plus fiables quand il s'agit du génome humain.
En fait, cette étude conduit à une impasse, et c'est simplement sur des présomptions liées à l'étude d'autres virus que l'on a associé telle ou telle partie du génome à telle protéine...


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Ecrit le : Jeudi 24 Novembre 2005 16h11 
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Mais que ce soit le virus qui introduit lui-même ces mutations est chimiquement un non-sens, car il ne possède pas les enzymes le permettant (dans la mesure où ces enzymes lui seraient propre). Seule la machinerie cellulaire le peut, et, très certainement pour moi, les substances chimiques capables de provoquer ces mutations


Ils ne pôssèdent pas les enzymes le permettant ????????? Mais ils encodent tous pour une polymérase qui répliquent l e plus souvent leur génome !!!!!!!! A part les rétro qui encodent une RT et dont l'ADN résultant est transcrit par la polymérase cellulaire, quasiement tous les autres virus encodent une polymérase qui répliquent leur génome et les polymérases cellulaires n'interviennent en aucun cas. Comme pour les virus à ARN ces polymérases font plus d'erreur que chez celles des virus à ADN on a plus de mutations.
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rosalie
Ecrit le : Jeudi 24 Novembre 2005 18h59 
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Je n'ai très franchement ni le temps ni l'envie de faire un tutorial sur les avantages et les limitations du test ELISA. Je suggère donc pour ceux dont ce n'est pas déjà le cas de vous familiariser avec les principes de la technique. Genre ici: ELISA ou ici avec un tutorial plus spécifique pour HIV relativement facile d'accès: ELISA HIV

Sinon c'est un travail pédagogique de titan, auquel je n'ai nulle intention de me soumettre, n'ayant pas cette fibre pardonnez moi


Je demandais pas du tout comment marche un test Elisa
Je sais que mon vocabulaire n'est pas adapté, mais la réponse que je cherche elle est trés simple
pourquoi la variation en dessous du seuil est attribué à la technique du test et non pas à l'échantillon ? et qu'en dessus elle du seuil elle est attribué à l'échantillon ?
En dessous du seuil c'est le bruit de fond dont parle cheminot dans un autre message :

"
Donc un peu de sérieux, ces absorptions ne représentent absolument pas le bruit de fond, c'est en fait ce que tu as envie de croire.
"
Si ce n'est pas "le bruit de fond" alors tous le monde serai plus ou moins seropositif.

On peut trés bien discuter du trajet de la fusée sur la lune sans expliquer comment marche une fusée.
C'est une question de néophyte mais on est sur un forum pour néophytes.

Ceci dit comme tu es venu ferrailler avec Cheminot je comprends que tu n'es pas envie de répondre.

QUOTE

Comme la quasi intégralité de la physique, chimie et biologie, pour ne citer que ceux-ci. Mais je comprends qu'on puisse s'en méfier, on était tellement mieux dans nos grottes...


L'empirisme c'est bien dans la physique, la chimie, la biologie. Dans les tests Elisa dont va dépendre de la vie d'etres humains c'est génant et c'est bien que les gens le sachent.


C'est dommage le ton arrogant que tu utilises avec tous le monde, un peu plus d'humilité nenuirai pas à tes propos.

Ce message a été modifié par rosalie le Jeudi 24 Novembre 2005 19h01
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