Nouveau papier dissident, nouvelle censure

[Econoclaste]

Info paru sur le groupe facebook Rethinking Aids

Un article dissident, résumant l'essentiel des thèses du mouvement, vient récemment d'être publié ici le 7 septembre dernier :

http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fpubh.2014.00154/abstract

La réaction ne s'est pas faite attendre puisque déjà des voix orthodoxes se sont multipliés contre l'éditeur :

http://retractionwatch.com/2014/09/26/publisher-issues-statement-of-concern-about-hiv-denial-paper-launches-investigation/

De façon assez systématique, quand les dissidents ne publient pas en peer review, on reproche à la revue d'avoir laissé passer un tel papier, et quand au contraire les dissidents ne parviennent pas à publier dans des revues à peer review, on leur reproche de ne pas avoir suivi la procédure. Donc, si on ne suit pas la procédure, on est sanctionné, mais si on la suit et qu'on parvient à publier un article dissident, et bien c'est pareil, puisque l'article défend des idées dissidentes. Au fond, le peer review n'est qu'un prétexte pour éliminer les voix dissidentes, ce qu'on savait déjà, mais qui ne fait qu'être confirmé ici.

[Jibrail]

Article étonnant... bien qu'avec un certain nombre de faiblesses, dont la moindre n'est pas de réduire l'apport du Perth Group à presque rien.

Mais on évoque le peer-review (revue par les pairs, soit la relecture par un comité qualifié avant publication d'un article scientifique), et une chose m'intrigue en bas de l'article :

Edited by:

Sanjay P. Zodpey, Public Health Foundation of India, India

Reviewed by:

Lalit Raghunath Sankhe, Grant Government Medical College, India
Preeti Negandhi, Indian Institute of Public Health – Delhi, India

Bon, d'habitude, on ne sait jamais de qui est précisément composé le comité de lecture de chaque article, ce qui laissent les choses terriblement opaques, donc sur le principe c'est plutôt pas mal. Mais là, trois indiens, quasiment inconnus au bataillon - sur le VIH c'est une chose, mais aussi sur toute autre référence scientifique (même au sens large, sciences humaines...)... qu'est-ce que c'est que ce "peer-review" ? Et qu'est-ce que c'est que cette revue, "Frontiers", c'est la première fois que je la vois concernant un article sur le VIH ? Dans quel traquenard est-on encore tombé ?

Frontiers, c'est une revue éditée par l'EPFL, l'école Polytechnique Fédérale de Lausanne, une des plus "fameuses" universités scientifiques du continent, classée 18ème mondiale à Shanghai, très généreusement financée par l'Etat suisse (plus de 500 M€ de subvention directe pour moins de 10.000 étudiants, ça doit en faire rêver plus d'un de l'autre côté du Jura). C'était au départ une revue de neurosciences (Frontiers in Neuroscience, en date de 2007), qui s'est ensuite étendue à de très nombreux domaines - il y a désormais 45 journaux "Frontiers" différents!

La particularité de Frontiers, c'est que c'est une revue "peer review" mais "open access"; c'est-à-dire qu'il y a un comité de lecture censé garantir la validité scientifique de l'article, mais que la consultation des articles par les lecteurs est libre et gratuite, là où les coûts sont titanesques dans les revues scientifiques classiques (20 à 30€ l'article, plusieurs milliers pour un abonnement annuel).

L'open access c'est pour la générosité..? Au début, peut-être, mais en fait... si les lecteurs ne payent plus l'article, ce sont en fait les auteurs qui payent, ce qui n'est pas le cas dans les revues classiques. Pas des coûts extravagants, mais 500 à 2000€, voire un peu peu plus si on ajoute des graphiques en couleur... Bien entendu quand on multiplie par le nombre de revues et d'articles... qu'on soustrait les coûts probablement réduits des reviewers indiens inconnus.... qu'on se souvient qu'il y a un marché de la revue "open access" à prendre... et que cela ne doit pas faire de mal au "ranking" et au rayonnement de l'EPFL... on ne s'étonne pas que le groupe "Nature" ait pris des parts dedans !

Bref dans le cas de notre article la revue vend une étiquette "peer review" fantôme, mais avec l'onction de l'EPFL, et des scientifiques paient pour publier avec cette belle étiquette qui leur permettra sans doute à leur tour d'être bien classés dans leurs universités respectives. Un vrai, un beau business, dans lequel ne manque plus l'essentiel, des articles scientifiques, avec des garanties minimales de validité.

De loin, on peut trouver de loin que tout ça n'est qu'une vaste farce. Certains scientifiques le pensent aussi.

Et je ne sais pas ce qu'espèrent les dissidents à participer à ce genre de farce, sauf à étaler une nouvelle fois leur faiblesse aux yeux de tous.

Modifié 28 septembre 2014 par Jibrail

[Econoclaste]

Quelques précisions :

Sur les revues en ligne : toutes ne sont pas sérieuses (je ne connais pas cette revue en l'occurrence et ne me prononcerait pas), mais certaines le sont (PLOS est une revue très bien classée) ; et toutes n'ont pas les mêmes pratiques que celle-ci, à savoir faire payer les auteurs. En l'occurrence, certaines revues papiers font de même pour inciter les rapporteurs à faire leur travail...et pour avoir soumis à une revue de ce type, ça ne garantit pas que vous serez publiés, loin de là et hélas pour moi puisque mon article fut rejeté à l'époque...ce qui est "bien" d'un point de vue éthique. Je dois dire que le business des revues scientifiques est hautement lucratif : ce sont les chercheurs qui produisent la valeur ajoutée...qu'ils sont ensuite obligés de racheter lors des abonnements aux dites revues par leurs labos, qui sont en général très chers. Donc même s'il y a à boire et à manger sur les revues en open access, je trouve que le principe est très bien, car n'oublions pas au départ que les publications scientifiques étaient d'abord un moyen de communication entre chercheurs avant d'être un puissant moyen d'évaluation de la recherche et de contrôle des dissidences scientifiques. J'irai même jusqu'à des propositions plus radicales, du genre "open peer review" : les différentes étapes des rapports doivent pouvoir être accessibles pour comprendre ce qui a fait qu'un article est accepté (et les débats suscités), voire rejeté (mais c'est plus compliqué à faire je pense).

Concernant la stratégie de publication des dissidents, elle me semble de toute façon tellement contrainte qu'elle ne peut conduire qu'à des aberrations. Quand on lit les raisons du refus de certains articles du Perth Group, http://www.theperthgroup.com/rejected.html , on se dit que c'est de la mauvaise fois pure et simple, puisque ce n'est jamais (officiellement) pour des arguments scientifiques que leurs papiers sont refusés. Dès lors, la stratégie de publication peut être de continuer de ne chercher à ne publier que dans les revues à peer review très cotées, avec une probabilité proche de 1 d'être rejeté, soit de se replier vers des revues moins prestigieuses, voire grand public. Ce n'est certainement pas bon en termes de crédibilité, mais peuvent-ils faire autrement? N'oublions pas que le papier fondamental du PG sur l'isolation du VIH fut en fait publié sur leur site web et dans Continuum. Auraient-ils dû s'abstenir de le faire malgré l'absence de peer review? Certainement pas à mon avis, du fait des questions éthiques (pour les patients) qu'implique la remise en question de l'existence du VIH. Eût-il été préférable qu'il soit publié dans une revue "de rang 1 ou trois étoiles"? Certainement d'un point de vue académique et pour "légitimer" les dissidents, mais je pense que cela serait impossible, puisque leurs rapporteurs seraient forcément des orthodoxes acquis à la thèse opposée (il en va de même des éditeurs). Je ne vois pas de solutions simples à ce problème, mais il est vrai que politiquement, je suis en général assez pessimiste.

Modifié 29 septembre 2014 par Econoclaste

[Jibrail]

Je vais clarifier pour ne pas être mal compris.

Je ne critique ni l'open access en général - sur le principe je suis à 2000% pour, ni la publication d'articles dans n'importe quelle revue, quelle que soit sa crédibilité. Ce qui compte d'une part c'est le contenu, d'autre part la sincérité de la démarche.

Pourquoi publier dans une revue peer-review si ce n'est pour bénéficier de la "garantie" de validité scientifique censée être offerte par le peer-review ? Si le peer-review de cette revue est une escroquerie (l'auteur a forcément eu contact avec ses reviewers fantômes), quel est l'intérêt d'y publier un article honnête mais limité et sans apport nouveau ou presque (donc déjà disponible partout sur le net), à part de contribuer à faire fonctionner l'escroquerie en espérant prendre sa part des retombées ?

Il y a une naïveté ou une roublardise dans la démarche qui ne peut que se retourner contre son auteur, comme le démontre les demandes de rétractation et l'enquête que la revue a déjà lancée.

Il n'y a pas de solutions faciles, la porte est grande fermée dans n'importe quelle publication pour les dissidents. Je ne vois guère d'autres alternatives que celles de feu Continuum : créer sa propre revue et constituer quelque part son propre comité de lecture, en espérant que petit à petit, le sérieux de la démarche et des publications génère sa propre crédibilité.

[Econoclaste]

OK effectivement la clarification est nécessaire. Je trouve moi-aussi que sous-estimer le rôle du PG à ce point dans le papier est assez problématique, d'autant qu'ils ont déjà subi des comportements peu éthiques d'autres dissidents à leur encontre. Il y a peut-être effectivement de l'opportunisme dans la démarche, même si c'est quand même prendre un bien risque pour sa carrière que de jouer cette carte-là...

[Daddou]

une critique de cet article sur ce site

http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2014/10/01/les-negationnistes-du-sida-repassent-a-lattaque

[Econoclaste]

Dans cet article du blog de Barthélémy, celui-ci fait référence a un article de Science, synthétisant une enquête de 3 mois prétendant que le "débat est clos" sur les affirmations de Duesberg.

http://www.sciencemag.org/site/feature/data/cohen/266-5191-1642a.pdf

L'article en question introduit un ensemble d'articles prétendant prouver que : le VIH cause le SIDA ; les postulats de Koch sont vérifiés ; l'épidémiologie de la Thaïlande donnerait tort à Duesberg ; l'AZT a limité les contaminations prénatales. Quoiqu'on en pense, cela vaut le coup de lire, ne serait-ce que pour critiquer. Il est vrai que l'argumentaire de Duesberg est fragile à bien des égards et c'est l'une des raisons qui avaient poussé le groupe de Perth à aller au-delà de la critique de Duesberg en questionnant l'existence même du VIH. On peut noter que la date de cet article (12/1994) est antérieure aux articles du PG questionnant directement l'existence du VIH (1997), mise à part l'article de 1993, mais dont l'objet premier était les tests (cet article questionne l'existence du VIH à la fin de l'article seulement, et cela était passé assez inaperçu à l'époque, sauf par Stefan Lanka).

Barthélémy fait aussi référence à un article prétendant estimer le nombre de morts causés par la politique de Mbecki quant aux ARVs, article typique de la stratégie : "les dissidents tuent des gens avec leurs théories".

http://journals.lww.com/jaids/Fulltext/2008/12010/Estimating_the_Lost_Benefits_of_Antiretroviral.10.aspx#P49

Hélas, ce dernier article est particulièrement mauvais puisqu'il ne se base que sur des hypothèses quant à la mortalité du virus, et non des morts avérées... qui en l'occurrence sont très faibles quand on connaît les statistiques officielles, puisque contrairement aux prévisions des orthodoxes, la population a continué à croître approximativement au même taux, ce qui ne colle pas avec les prévisions de 300000 morts par an prévues par l'OMS et autres tenants du mainstream.

http://www.fupress.net/index.php/ijae/article/view/10336/9525

Donc, non, le débat n'est pas clos, mais que l'orthodoxie cherche à enterrer tout point de vue dissident en prétendant le contraire et en arguant que "c'est évident" ou encore "the evidence are overwhelming" et que les dissidents tuent, n'est pas nouveau, puisque c'était déjà l'argument de Gallo dans deux interviews en...1988 et 1989, soit moins d'un an après la première publication de Duesberg dans Cancer Research. http://www.duesberg.com/articles/index.html

[Jardinier]

Je pense qu'il est très intéressant de lire attentivement les commentaires sous l'article de Pierre Barthélémy dans son blog "Passeur de sciences". L'auteur de l'article y est bel et bien obligé de modérer les positions qu'il a prises dans son article. Certains commentaires émanent de scientifiques et de spécialistes, et le dialogue est d'un niveau riche d'enseignements, avec entre autres des liens fournis par les intervenants, dont certains vers des sites très sérieux et éclairants, et n'allant pas du tout dans le sens de P. Barthélémy et de ceux qui adhèrent à ses positions et à sa rhétorique... par certains aspects si scandaleusement conformiste et outrancière, il faut bien le dire, qu'il avait tout intérêt à faire amende honorable en acceptant le dialogue avec des contradicteurs.

Cela vaut ce que cela vaut, mais on trouve entre autres dans ces dialogues une défense argumentée des revues telles que Frontiers qui a retenu mon attention :

http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2014/10/01/les-negationnistes-du-sida-repassent-a-lattaque/

« Quelques commentaires en vrac :
1) Le « biais editorial » évoqué plus haut n’est pas nécessairement, à mon sens, une ‘ »orthodoxie », mais plutôt un biais disciplinaire. On trouve pas mal d’articles écrits de façon volontairement polémique dans Nature… mais pas dans tous les domaines de la biologie. Les bonnes grosses controverses « font vendre », et sont très appréciées par les revues généralistes à partir du moment où les expériences des deux camps en présence sont « correctes » et (un peu moins systématiquement) reproductibles;
2) Nature n’est pas à l’origine de Frontiers, mais l’a racheté en début d’année (si j’ai bien compris la com’ de l’époque, évoquant un ‘partenariat’ entre David et Goliath…)
3) L’absence de mode de publication pour des résultats négatifs (ou « pas intéressant », ne passant pas les barres éditoriales) a des effets très négatifs sur la science, parmi lesquels :
– Une perte de temps et de ressource : certaines manips « naturelles » mais vouées à l’échec pour des raisons intrinsèques sont condamnées à être répétées « ad nauseum » par différents labo car leur résultats sont impubliables;
– Une trop grande influence des biais expérimentaux sur la construction de nos hypothèses et modèles : Ce point est volontairement un peu abstrait (dans cette réponse). Avec l’explosion des données disponibles dans tous les champs scientifiques, on a de plus en plus souvent tendance à extrapoler, à construire des modèles de la réalité, à partir des données disponibles, en oubliant que ceux-ci sont produits par des méthodes qui ne permettent pas de tout observer. Une fois le modèle posé, on a tendance à établir des stratégies de recherche pour des phénomènes d’intérêt sur les données disponibles (donc indirectement entachées du biais expérimental initial), puis à en étudier les résultats, confortant ainsi notre confiance dans le modèle initialement établi. L’absence de données « négatives » nous amène donc à surpondérer une fraction, peut être négligeable mais observable expérimentalement, des phénomènes d’intérêt. La publication des résultats négatifs permettrait au moins d’avoir une idée de la (parfois faible !) représentativité de l’observé, mais on ne publie pas de résultats négatifs dans des journaux lus, ou dans des bases de données.
– Une « fragilisation statistique » de la méthode scientifique : Je vais l’illustrer par un exemple (pas complètement hypothétique). Imaginons que vous êtes une compagnie « BadGuys, inc », et vous vendez un produit onéreux, addictif et toxique dont tout le monde est convaincu de la dangerosité, mais où celle-ci est difficile à établir formellement (variabilité des symptômes, grande période d’ »incubation »…). Dans un contexte de sous-financement des labos, vous financez 100 études, effectuées par des équipes universitaires crédibles, visant à établir la non-dangerosité de vos produits. Pour que tout le monde s’y retrouve, vous « surfinancez » un peu, et vous ne demandez pas une qualification trop précise des dépenses, comme ça l’équipe « tourne » grâce au financement de l’étude, y compris sur ses thématiques traditionnelles. Dans 99 cas sur 100, l’hypothèse « le produit n’est pas dangereux » sera invalidée, i.e. n’aura pas un support statistique suffisant, ce qui ne valide pas l’hypothèse inverse ! Dans 1 cas sur 100 cependant, une petite erreur de manip, ou bien un artefact statistique difficile à identifier (pas nécessairement complété par une combinaison de « reconnaissance de l’estomac », « yeux de la foi » ou autre volonté pour l’équipe d’ »exister internationalement » en se plaçant au coeur d’une polémique) donne un résultat qui, bien qu’irreproductible à l’échelle de temps géologique, n’en est pas moins apparemment correct et « publiable », les relecteurs n’ayant pas nécessairement les moyens de reproduire les manips. Bien entendu, seule cette dernière étude sera publiée et BadGuys, inc pourra semer le doute en opposant une étude relue par les pairs démontrant l’innocuité de son produit. Cette stratégie serait évidemment moins intéressante pour BadGuys, inc dans un monde où les résultats (négatifs) des autres 99/100 études seraient publiées, relativisant la reproductibilité du résultat.

C’est ce genre de constat qui motive les nouveaux modes de diffusion de l’info scientifique, de type « PlosONE » ou « Frontiers », où l’on focalise plus sur la correction technique que sur l’intérêt du résultat obtenu. Il est discutable que de tels media sollicitent des articles de revue « état de l’art » (ce n’est pas le cas à ma connaissance de PlosONE), ou bien laissent passer des prises de position non basées sur des données originales. Cependant, ces expériences de processus de relectures alternatifs me semblent répondre à un réel besoin de réformer/compléter les vecteurs de diffusions traditionnelle de l’info scientifique, et je préfère avoir une meilleure vision du ratio « bruit/signal » avant de les « jeter aux orties ». »

Et aussi, ici, via un lien inséré dans les commentaires :

http://www.podcastscience.fm/dossiers/2011/02/26/dossier-le-denialisme-scientifique-ou-negationnisme-de-la-science/

« Protéger la science en pénalisant le négationnisme scientifique, c’est prendre le risque d’une dérive inquisitoriale. Que ce passera-t-il si on en vient à protéger tout et n’importe quoi ? La science ne pourra plus avancer. Car la science ne fonctionne pas sur des dogmes. Les critères de vérités de la méthode scientifique moderne sont variés et complexes. Il y a aussi les critères d’admissibilité, tel que la critère de réfutabilité/falsification. Une théorie n’est scientifique que si elle peut être falsifiée. Or, si on protège la théorie par la loi, ou est la réfutabilité ? On entre là dans le domaine de l’épistémologie, et de façon assez pointue. »

Enfin, pour mémoire, je voudrais aussi rappeler un article pas si ancien d'un collègue de P. Barthélémy dans la rubrique Sciences du Monde en ligne. Celui-ci montre bien, toutes proportions gardées, que les paradigmes scientifiques n'en sont que de ne pas être éternels :

http://www.lemonde.f...41_1650684.html

Immunologie : crise d'identité LE MONDE SCIENCE ET TECHNO | 18.11.2013 à 17h16 • Mis à jour le18.11.2013 à 17h17 | Nicolas Chevassus-Louis - La « une » de la revue Nature Reviews Immunology d’octobre annonçait un article signé d’un trio improbable : un philosophe, un physicien et un biologiste. « Notre article propose un double formalisme philosophique et mathématique pour des données expérimentales d’immunologie », explique Eric Vivier, directeur du Centred’immunologie de Marseille-Luminy et dernier signataire de l’article. A la clé : une nouvelle théorie du fonctionnement du système immunitaire alternative à celle, aujourd’hui hégémonique, du « soi » et du « non-soi ».

Cette théorie, formulée dans les années 1940 par le virologue australien Frank Macfarlane Burnet (Prix Nobel de physiologie et de médecine en 1960), énonce que le système immunitaire protège l’organisme contre les agressions extérieures en distinguant au niveau moléculaire le soi (les cellules de l’organisme) du non-soi. Pourtant, ce socle théorique de l’immunologie moderne, que l’on trouve exposé dans tous les manuels de biologie, se fissure de toute part. Depuis une quinzaine d’années, les biologistes ont découvert plusieurs phénomènes qu’il est difficile d’expliquer dans ce cadre théorique.

Le système immunitaire peut ainsi attaquer le soi. C’est ce qui se produit dans les maladies auto-immunes, comme le diabète de type 1. Même hors de toute pathologie, certains lymphocytes (une des catégories de cellules du système immunitaire, ils sont également connus sous le nom familier de globules blancs), dits à large spectre, sont activés par des motifs biochimiques du soi. A l’inverse, le système immunitaire n’attaque pas certaines cellules faisant manifestement partie du non-soi.

TROUBLANTE TROGOCYTOSE

C’est le cas des innombrables bactéries qui vivent à la surface des muqueuses (intestin, poumon…) mais aussi, plus rarement, à l’intérieur du corps, chez tout organisme sain. Ou encore celui des cellules échangées, lors de la grossesse, entre l’organisme maternel et le fœtus. Même si elles sont peu nombreuses (au maximum, une cellule maternelle pour mille cellules de l’organisme, selon des dénombrements faits chez la souris), ces cellules persistent la vie durant, tant dans l’organisme de l’enfant que dans celui de sa mère, alors qu’elles n’ont pas le même patrimoine génétique et devraient donc être reconnues comme faisant partie du non-soi.

Plus troublant encore, on sait à présent que des cellules du système immunitaire échangent transitoirement des fragments de leurs membranes avec d’autres cellules, même si elles sont étrangères au corps. Ce phénomène, dit de trogocytose (du grec trogo : ronger, grignoter), aboutit donc à un échange d’identité immunologique qui brouille un peu plus la distinction supposée cardinale entre soi et non-soi.

Spécialiste des cellules natural killer (NK), un type de lymphocytes qui attaquent de manière innée toute cellule anormale, Eric Vivier s’étonnait, depuis plusieurs années, de certaines propriétés déroutantes des cellules qu’il étudiait. L’activité de ces dernières est régulée par la balance entre deux phénomènes opposés.

D’une part, une activation, par des molécules présentes à la surface, soit des cellules étrangères au corps, soit des cellules du corps modifiées par une pathologie (par exemple parce qu’elles sont devenues tumorales). D’autre part, une inhibition par d’autres molécules présentes à la surface des cellules d’un organisme sain donné. Pourtant, ces effets, tant activateurs qu’inhibiteurs, cessent dès que la stimulation, ou son absence, se prolonge. Tout se passe donc, se disait Eric Vivier, comme si ce n’était pas la stimulation par une molécule, mais plutôt la variation au cours du temps de cette stimulation, qui déclenchait l’activité des cellules NK.

RÉFLEXION ÉPISTÉMOLOGIQUE

De son côté, Thomas Pradeu, maître de conférences en philosophie à l’université Paris-Sorbonne, avait proposé dans sa thèse de philosophie, soutenue en 2007 et, depuis, publiée en français et en anglais, une théorie de l’immunité appuyée tant sur sa réflexion épistémologique que sur sa parfaite connaissance des données expérimentales de l’immunologie : la théorie de la continuité/discontinuité, selon laquelle une réponse immunitaire est induite non par le non-soi comme tel, mais par l’apparition soudaine de motifs antigéniques différents de ceux avec lesquels le système immunitaire est habitué àréagir.

L’article de Nature Reviews Immunology est né de la rencontre de ces deux cheminements intellectuels parallèles. Son troisième signataire, le physicien spécialiste de modélisation Sébastien Jaeger, qui travaille lui aussi au Centre d’immunologie de Marseille-Luminy, est venu apporter au duo du philosophe et de l’immunologiste la formalisation mathématique de leur théorie.

La réponse immunitaire, soutiennent les trois chercheurs, n’est pas déclenchée par l’exposition au non-soi, mais par la variation soudaine des motifs moléculaires – la discontinuité – auxquels le système immunitaire est exposé. Cette variation peut être de nature qualitative, ce qui est le cas lorsque le non-soi d’un agent pathogène inconnu pénètre dans l’organisme.

Mais aussi quantitative, que ce soit dans le temps (comme lorsqu’une des espèces bactériennes de la flore intestinale connaît soudain une rapide croissance, à la suite d’une antibiothérapie ayant éliminé les autres espèces) ou dans l’espace (des bactéries normalement présentes dans les poumons causent ainsi des méningites lorsqu’elles font irruption dans le liquide céphalo-rachidien dans lequel baigne le cerveau).

EXPLICATION DE PHÉNOMÈNES ININTELLIGIBLES

« Notre théorie de la discontinuité ne va pas contre la théorie du soi et du non-soi, mais l’englobe dans un cadre plus large, qui permet de comprendre des phénomènes que l’on ne pouvait expliquer », souligne Eric Vivier. Une des vertus de la théorie de la discontinuité est de montrer les difficultés du système immunitaire à faire face à des infections chroniques, mais aussi à l’apparition de tumeurs formées de cellules modifiées qui devraient, selon la théorie du soi et du non-soi,être reconnues comme étrangères au corps et détruites.

« La théorie de la discontinuité est importante, car elle permet d’expliquer des phénomènes inintelligibles dans le cadre de la théorie du soi et du non-soi, remarque l’immunologiste Edgardo Carosella, de l’hôpital Saint-Louis à Paris, mais il faut à présent aller vers l’expérience pour entester la pertinence. Malheureusement, le financement de la recherche par projet, qui encourage les travaux appliqués, et l’organisation de la recherche française qui fait que, contrairement à ce qui se passe dans d’autres pays, les philosophes des sciences ne travaillent pas dans les laboratoires risquent d’empêcher d’avancer rapidement dans cette voie. »

Alain Trautmann, du département immunologie et hématologie de l’Institut Cochin (Paris), trouve intéressante l’insistance de la théorie de la discontinuité sur la cinétique des réponses immunitaires mais s’interroge sur le niveau d’organisation auquel elle est applicable. « La théorie me semble bien rendre compte de ce qui se passe au niveau élémentaire des cellules, mais pas au niveau du système immunitaire pris dans son ensemble, qui possède des propriétés émergentes et réagit à d’autres phénomènes que la discontinuité. »

De son côté, l’immunologiste Polly Matzinger, du National Institute of Allergy and Infectious Diseases américain, juge que« la théorie de la discontinuité est intéressante pour expliquer le fonctionnement des cellules NK et des macrophages [un autre type de cellules de l’immunité innée], mais [qu’]elle ne permet guère d’expliquer l’ensemble des données dont on dispose sur l’activation du système immunitaire, en particulier des lymphocytes ».

AFFAIBLISSEMENT DE LA RÉFLEXION THÉORIQUE

L’injection chez la souris, souligne la chercheuse, d’une quantité massive d’anticorps humains cause une réponse immunitaire s’ils sont agrégés entre eux, mais pas s’ils sont solubles. « Dans les deux cas, il y a discontinuité, mais il n’y a réponse immunitaire que dans un seul, ce qui montre que la discontinuité ne peut être le seul paramètre explicatif de l’induction d’une réponse immunitaire », observe l’immunologiste.

« L’intérêt d’une théorie est de pouvoir produire des prédictions que l’on peut tester expérimentalement », répond Eric Vivier. L’idée semble un lieu commun de philosophie des sciences, mais force est de constater que la course effrénée à la publication de nouvelles expériences, à laquelle on assiste depuis une dizaine d’années, s’est accompagnée d’un affaiblissement de la réflexion théorique en biologie.

A tel point que M. Vivier et ses collaborateurs ont dû argumenter, dans leur article de Nature Reviews Immunology,sur l’utilité des théories pour la recherche ! Que prédit la théorie de la discontinuité ? Que, dans les maladies auto-immunes, le motif biochimique du soi devenu immunogénique varie au cours de l’évolution de la maladie. Ou encore que les modifications non pathologiques du soi, telles que celles que l’on observe au moment de la puberté ou de la grossesse, se font de manière progressive, ce qui permettrait au système immunitaire de s’yhabituer. Le trio du philosophe, du physicien et du biologiste réfléchit actuellement aux meilleures expériences à mener pourtester la validité de ces prédictions de la théorie de la discontinuité.

Cette collaboration inédite illustre en tout cas l’importance des enjeux philosophiques que porte l’immunologie. L’étude des subtilités moléculaires des lymphocytes et des anticorps pose en effet, en filigrane, des questions chères à la métaphysique : qu’est-ce qu’un individu ? Qu’est-ce qui fonde son unicité ? Son identité ?

Comme l’écrivait la médecin et philosophe Anne-Marie Moulin dans le Dictionnaire de la pensée médicale (PUF, 2004) : « L’immunologie contemporaine est une science biologique privilégiée en ce qu’elle suscite et alimente la réflexion philosophique sur le destin de l’organisme humain. Plusieurs des questions qui l’intéressent, la survie, l’identité, la naissance et la mort, sont des questions qui concernent à la fois le biologiste et le philosophe. »

L’immunologie contemporaine connaîtrait ainsi un retour à ses sources philosophiques. N’est-ce pas chez John Locke, dans son Essai sur l’entendement humain (1690), qu’apparaît pour la première fois le concept de soi ?

A lire :

Le microbiote, un élément protecteur essentiel

Thomas Pradeu : « La philosophie nourrit les sciences et se nourrit d’elles »

Modifié 18 octobre 2014 par Jardinier

[Jardinier]

Message vide pour cause d'erreur de post.

Modifié 19 octobre 2014 par Jardinier

[Jardinier]

MEDIAPART, SUR LES LANCEURS D'ALERTE ET LA CORRUPTION :

[Jardinier]

Selon Le Monde du 4 novembre (c'est moi qui souligne le paragraphe sur les rétrovirus) :

Deux cas de contrôle spontané de l’infection par le VIH élucidés

LE MONDE | 04.11.2014 à 19h55 • Mis à jour le 04.11.2014 à 20h09 |

Par Paul Benkimoun

Une équipe française a élucidé le mécanisme par lequel deux hommes, tous deux porteurs du virus de l’immunodéficience humaine (VIH), contrôlent spontanément l’infection. Celle-ci ne se manifeste par aucun signe clinique et le matériel génétique du virus n’est pas retrouvé dans leur sang. En fait, des séquences génétiques du VIH se sont insérées dans l’ADN des deux patients. Cependant, elles ne sont pas exprimées, probablement du fait de la stimulation d’un groupe d’enzymes habituellement inactivées par le virus.

Ce travail fait l’objet d’une publication, mardi 4 novembre, dans la revueClinical Microbiology and Infection dont Didier Raoult (Urmite-CNRS-Inserm-IRD, Université de Marseille), l’un des auteurs de l’étude, est rédacteur en chef. Cette découverte va encourager les recherches pour empêcher le VIH de proliférer dans l’organisme.

Les rétrovirus, famille à laquelle appartient le VIH, ont la capacité de s’intégrer dans le génome des hôtes qu’ils infectent. Très ancien, le phénomène est connu chez les animaux et chez l’homme. Le génome humain contient ainsi les restes de virus qui n’ont plus d’action pathologique. Ces séquences du génome viral sont devenues endogènes. Environ 8 % du génome des humains actuels serait d’origine rétrovirale et correspondait à quelque 100 000 rétrovirus endogènes.

CONTRÔLEURS D’ÉLITE

L’équipe de Didier Raoult et Yves Lévy (Vaccine Research Institute, Inserm, hôpital Henri-Mondor, Créteil) suit une une série de 1 700 patients infectés par le VIH, dont dix sont ce que l’on appelle des « contrôleurs d’élite ». Chez eux, en l’absence de traitement antirétroviral, le virus ne se multiplie pas. Parmi ces dix patients peu ordinaires, il en est deux chez lesquels les analyses des cellules du sang n’ont détecté aucune trace d’ADN du VIH.

Gros usager de drogues injectables de 1978 à 1988, le premier des deux patients, âgé de 57 ans, s’est vu diagnostiquer une infection par le VIH en 1985. Elle est avérée par la présence d’anticorps anti-VIH dans le sang, mais demeure asymptomatique. Ses cellules se sont montrées résistantes aux tentatives de reproduire in vitro l’infection par le VIH.

En analysant des séquences génétiques du VIH intégrées dans le génome de ces cellules sanguines, obtenues non sans mal, les chercheurs français ont découvert la raison de l’inactivation du VIH : elles comportaient de nombreux signaux (« codons stop ») interrompant l’activation des gènes viraux. Les gènes du virus sont alors réduits au silence. « De ce fait, nous avons conclu que le virus était inactivé et que le patient était guéri », écrivent les chercheurs.

PISTE DE RECHERCHE

Le second patient est un Chilien, âgé de 23 ans, homosexuel. Le diagnostic d’infection par le VIH a été porté en 2011, mais vraisemblablement trois ans après qu’il eut contracté le virus au Chili. Chez lui également, les chercheurs ont retrouvé des codons stop en nombre, même s’ils différaient de ceux du premier patient.

L’équipe française parle donc chez ces patients d’une « guérison fonctionnelle », définie comme le contrôle spontané de l’infection sans progression de la maladie. « Nous pensons que la persistance d’ADN provenant du VIH peut conduire à une guérison et à une protection à l’égard du VIH », soulignent les auteurs, qui rappellent que cet ADN d’origine virale sera transmis à la descendance. Pour les chercheurs s’ouvre une piste de recherche : imiter ce qui se passe spontanément chez certains individus pour guérir ou pour prévenir l’infection par le VIH.

http://www.lemonde.fr/medecine/article/2014/11/04/deux-cas-de-controle-spontane-de-l-infection-par-le-vih-elucides_4518147_1650718.html

Modifié 6 novembre 2014 par Jardinier

[Linou]

Bonjour jardinier,

Si la persistance du vih peut s'intégrer à l'ADN ét ainsi devenir non pathogène , pour l'imiter il faudrait deja arreter de le combattre avec les ARV( si vih il y a)

A ne plus rien y comprendre. Excuse moi d'être aussi simpliste mais je suis novice dans la thèse dissidente.

[Econoclaste]

Chère Linou,

avant de l'imiter, encore faut-il avoir une preuve de l'existence du VIH, ce qui n'est pas encore le cas, les procédures de purification/isolation du virus ayant été des échecs. Il se peut tout à fait que les séquences d'ADN considérées comme provenant du VIH soient le produit de particules endogènes...D'ailleurs, s'il existe des rétroviruse endogènes, il se peut que le VIH soit lui-même un rétrovirus endogène...puisqu'on n'a jamais prouvé qu'il était exogène.

[Linou]

C'est sa le problème on cherche un truc qui n'existe pas, on tourne en rond.

En attendant on ne sait toujours pas de quoi nous souffrons et qui nous prédispose apparemment au SIDA et vu comme c'est parti on est pas près de trouvé, si depuis le début ils cherchent dans la mauvaise direction.

C'est désolant.