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Jardinier

Santé et immunologie : 2 news générales

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* Immunologie : Le "socle théorique" dominant "se fissure de toute part" :

Dans Le Monde du 18 novembre 2013, avait paru un article intéressant sur l'immunologie. Il n'est plus accessible intégralement en ligne pour les non abonnées, de plus il renvoie à un article, qu'il faudrait pouvoir trouver et lire intégralement, paru dans une revue scientifique, Nature Reviews Immunology. Voilà ce que ça donne sur la page du Monde (c'est moi qui souligne dans le texte l'extrait de mon titre ci-dessus) :

La « une » de la revue Nature Reviews Immunology d’octobre annonçait un article signé d’un trio improbable : un philosophe, un physicien et un biologiste. « Notre article propose un double formalisme philosophique et mathématique pour des données expérimentales d’immunologie », explique Eric Vivier, directeur du Centre d’immunologie de Marseille-Luminy et dernier signataire de l’article. A la clé : une nouvelle théorie du fonctionnement du système immunitaire alternative à celle, aujourd’hui hégémonique, du « soi » et du « non-soi ».

Cette théorie, formulée dans les années 1940 par le virologue australien Frank Macfarlane Burnet (Prix Nobel de physiologie et de médecine en 1960), énonce que le système immunitaire protège l’organisme contre les agressions extérieures en distinguant au niveau moléculaire le soi (les cellules de l’organisme) du non-soi. Pourtant, ce socle théorique de l’immunologie moderne, que l’on trouve exposé dans tous les manuels de biologie, se fissure de toute part. Depuis une quinzaine d’années, les biologistes ont découvert plusieurs phénomènes qu’il est difficile d’expliquer dans ce cadre théorique.

Le système immunitaire peut ainsi attaquer le soi. C’est ce qui se produit dans les maladies auto-immunes, comme le diabète de type 1. Même hors de toute pathologie, certains lymphocytes (une des catégories de cellules du système immunitaire, ils sont également connus sous le nom familier de globules blancs), dits à large spectre, sont activés par des motifs biochimiques du soi. A l’inverse, le système immunitaire ...

Immunologie : crise d'identité - LE MONDE SCIENCE ET TECHNO | - 18.11.2013

http://www.lemonde.fr/sciences/article/2013/11/18/que-suis-je-la-philo-bouscule-la-biologie_3515741_1650684.html

* Par ailleurs, la revue Prescrire (la seule indépendante des labos en France, dit-on) vient de publier une liste de médicaments à écarter pour leur bénéfice-risque trop négatif. Rien sur les ARV, mais cela peut quand même être utile.

Cliquer ici

Pour mieux soigner, des médicaments à écarter : bilan 2014

pour télécharger le PDF.

Lien vers le sommaire ici :

http://www.prescrire.org/Fr/SummaryDetail.aspx?Issueid=364

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Oui, enfin, ils ne s'agit pas vraiment de remise en cause, mais simplement d'adaptation, d'évolution de la théorie dominante.

Donc, rien ne change vraiment.

Pour avoir une vue qui remet vraiment en cause la théorie dominante, voir mon blog :

http://www.repenser-la-medecine.com/quotidien/category/systeme-immunitaire/

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Aixur,

Est-ce que tu as lu l'intégrale de l'article du Monde et l'article de Nature Reviews ? Il faudrait avant tout pouvoir juger sur pièces.

De toute façon, dans les faits rien ne peut changer de façon spectaculaire du jour au lendemain compte tenu du dispositif socio-politique et psycho-social en place. Sauf que quand il s'avère de plus en plus au niveau de la recherche que les paradigmes ne répondent plus à la réalité ni des faits ni de certains autres aspects des théories qu'ils fédèrent, de proche en proche le socle théorique peut finir par s'avérer si miné que, soit un changement de paradigme, soit une approche qui le laisse discrètement de côté peuvent devenir potentiellement envisageables et, à terme, avec certes du temps à attendre, tout peut changer, éventuellement au prétexte d'une nouvelle "découverte" décisive susceptible de faire oublier les diverses responsabilités pour les méfaits de la théorie et des pseudo-découvertes précédentes.

En réalité, j'ai pu en être témoin lors de rencontres et d'échanges avec des scientifiques, il y a déjà pas mal de temps que la théorie clé-serrure est très contestée. Certes, grâce aussi à des francs tireurs aussi radicaux et conséquents que toi. Pour les antigènes monoclonaux de type Elisa et du sida, tu sais ce que j'en pense pour ma part, indices forts à l'appui dès qu'on sait mettre b à côté de a en examinant les bons documents historiographiques et en reconstituant la chronologie (voir en particulier les travaux et les crédits de l'USAMRIID à partir de 1982) - ce qui en plus d'un sens corrobore divers points de tes propres hypothèses, analyses et raisonnements par analogie.

Pas plus tard qu'hier, je lisais un article de sémiologie déjà assez ancien. En voici le résumé, avec un passage que je souligne :

PROBLÉMATIQUE DU SIGNE ET DU TEXTE - François RASTIER - C.N.R.S. (Article extrait d'Intellectica, 1996, t. 2, n°23, p. 11-52)

RÉSUMÉ : Il convient de situer et dépasser la conception générale du sémiotique développée par le cognitivisme classique, qui se définit comme un paradigme symbolique. Dans un premier mouvement, notre propos consistera à donner sur les sciences cognitives un point de vue informé par la sémiotique. Comment caractériser la conception "spontanée" du sémiotique dans les recherches cognitives ?

Dans un second temps, nous considérerons le problème de l’interprétation comme déterminant pour la compréhension des formations sémiotiques. Que peut apporter la sémiotique (comme discipline) à ce propos ? Nous serons conduit notamment à substituer à la problématique logico-grammaticale du signe la problématique herméneutique et rhétorique du texte. Enfin, à esquisser une conception du langage différente de celle qui informe de manière implicite la sémiotique comme les sciences cognitives. Cela pour nous enquérir du rôle de la médiation sémiotique dans la cognition humaine.
La problématique de la "communication des savoirs" s'essouffle en raison sans doute d'une conception trop restrictive du langage. À la théorie du langage-instrument répond une instrumentalisation des connaissances et une technologisation des sciences. Les connaissances, même archivées dans une encyclopédie, restent une archive de textes décontextualisés ; restituer leur sens, c'est rappeler qu’elles sont des actions oubliées : il faut alors critiquer l'ontologie pour aller vers une théorie de l'action - non seulement formative mais constitutive de l'humain.

http://www.revue-texto.net/1996-2007/Inedits/Rastier/Rastier_Problematique.html

Si je souligne, c'est parce qu'il est fait référence à cet endroit à la technologisation des sciences, qui à mon sens est une source majeure des plus grands maux de la recherche et des pratiques médico-scientifiques depuis les débuts de l'ère du "biomédical". Et c'est bel et bien, aussi, un très grave problème de conception du langage... qui entre autres prétend pouvoir faire arbitrairement l'économie de la "médiation sémiotique".

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Post-scriptum :

Pour ce qui est des concepts d'immunologie et d'immunité et de leur origine, je pense important de savoir qu'en fait, l'immunité - immunitas - est un concept cardinal de la philosophie politique occidentale depuis l'antiquité romaine. Les philosophes Jacques Derrida et Giorgio Agamben, notamment, s'y sont intéressés dans le contexte de leurs réflexions sur le biopolitique et la philosophie du biopouvoir dans les sociétés contemporaines. Dans ce contexte, Derrida notamment a fait référence à René Girard, ainsi qu'Agamben je pense. Le philosophe italien Roberto Esposito a réévalué de manière originale ces orientations de recherches philosophiques, ainsi que celles d'Annah Arendt, dans au moins trois ouvrages, dont un seul traduit en français et deux en anglais.

Façon de dire que, sans amalgame, sur le plan conceptuel à l'évidence tout se tient, dans la mesure où le modèle dominant de "l'immunologie" a clairement un rapport avec des concepts traditionnellement opérationnels dans d'autres champs de la pensée et de l'ordre symbolique. Non seulement cela, mais en fait il y a eu depuis les années 80, en termes d'histoire des idées, une sorte de va-et-vient au moins implicite, plus ou moins critique et plus ou moins fécond, entre philosophie et biologie médicale autour de ce concept d'immunité.

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Non, je n'ai pas lu le texte en entier. Vu comme ça partait, et vu que c'était le journal "le monde", je me suis dit que ça devait rester dans le classique, mais avec quelques variations autour.

Mais là, j'ai essayé de le lire, mais je n'ai pas pu y accéder.

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En cherchant un peu plus, on trouve la version intégrale de l'article du Monde ici :

http://www.lemonde.fr/sciences/article/2013/11/18/que-suis-je-la-philo-bouscule-la-biologie_3515741_1650684.html

La voici (c'est moi qui souligne un passage du paragraphe sur la trogocytose) :

Nicolas Chevassus-au-Louis La « une » de la revue Nature Reviews Immunology d’octobre annonçait un article signé d’un trio improbable : un philosophe, un physicien et un biologiste. « Notre article propose un double formalisme philosophique et mathématique pour des données expérimentales d’immunologie », explique Eric Vivier, directeur du Centre d’immunologie de Marseille-Luminy et dernier signataire de l’article. A la clé : une nouvelle théorie du fonctionnement du système immunitaire alternative à celle, aujourd’hui hégémonique, du « soi » et du « non-soi ».

Cette théorie, formulée dans les années 1940 par le virologue australien Frank Macfarlane Burnet (Prix Nobel de physiologie et de médecine en 1960), énonce que le système immunitaire protège l’organisme contre les agressions extérieures en distinguant au niveau moléculaire le soi (les cellules de l’organisme) du non-soi. Pourtant, ce socle théorique de l’immunologie moderne, que l’on trouve exposé dans tous les manuels de biologie, se fissure de toute part. Depuis une quinzaine d’années, les biologistes ont découvert plusieurs phénomènes qu’il est difficile d’expliquer dans ce cadre théorique.

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Le système immunitaire peut ainsi attaquer le soi. C’est ce qui se produit dans les maladies auto-immunes, comme le diabète de type 1. Même hors de toute pathologie, certains lymphocytes (une des catégories de cellules du système immunitaire, ils sont également connus sous le nom familier de globules blancs), dits à large spectre, sont activés par des motifs biochimiques du soi. A l’inverse, le système immunitaire n’attaque pas certaines cellules faisant manifestement partie du non-soi.

TROUBLANTE TROGOCYTOSE

C’est le cas des innombrables bactéries qui vivent à la surface des muqueuses (intestin, poumon…) mais aussi, plus rarement, à l’intérieur du corps, chez tout organisme sain. Ou encore celui des cellules échangées, lors de la grossesse, entre l’organisme maternel et le fœtus. Même si elles sont peu nombreuses (au maximum, une cellule maternelle pour mille cellules de l’organisme, selon des dénombrements faits chez la souris), ces cellules persistent la vie durant, tant dans l’organisme de l’enfant que dans celui de sa mère, alors qu’elles n’ont pas le même patrimoine génétique et devraient donc être reconnues comme faisant partie du non-soi.

Plus troublant encore, on sait à présent que des cellules du système immunitaire échangent transitoirement des fragments de leurs membranes avec d’autres cellules, même si elles sont étrangères au corps. Ce phénomène, dit de trogocytose (du grec trogo : ronger, grignoter), aboutit donc à un échange d’identité immunologique qui brouille un peu plus la distinction supposée cardinale entre soi et non-soi. [et aussi la limite entre le normal et le pathologique...]

Spécialiste des cellules natural killer (NK), un type de lymphocytes qui attaquent de manière innée toute cellule anormale, Eric Vivier s’étonnait, depuis plusieurs années, de certaines propriétés déroutantes des cellules qu’il étudiait. L’activité de ces dernières est régulée par la balance entre deux phénomènes opposés.

D’une part, une activation, par des molécules présentes à la surface, soit des cellules étrangères au corps, soit des cellules du corps modifiées par une pathologie (par exemple parce qu’elles sont devenues tumorales). D’autre part, une inhibition par d’autres molécules présentes à la surface des cellules d’un organisme sain donné. Pourtant, ces effets, tant activateurs qu’inhibiteurs, cessent dès que la stimulation, ou son absence, se prolonge. Tout se passe donc, se disait Eric Vivier, comme si ce n’était pas la stimulation par une molécule, mais plutôt la variation au cours du temps de cette stimulation, qui déclenchait l’activité des cellules NK.

RÉFLEXION ÉPISTÉMOLOGIQUE

De son côté, Thomas Pradeu, maître de conférences en philosophie à l’université Paris-Sorbonne, avait proposé dans sa thèse de philosophie, soutenue en 2007 et, depuis, publiée en français et en anglais, une théorie de l’immunité appuyée tant sur sa réflexion épistémologique que sur sa parfaite connaissance des données expérimentales de l’immunologie : la théorie de la continuité/discontinuité, selon laquelle une réponse immunitaire est induite non par le non-soi comme tel, mais par l’apparition soudaine de motifs antigéniques différents de ceux avec lesquels le système immunitaire est habitué à réagir.

L’article de Nature Reviews Immunology est né de la rencontre de ces deux cheminements intellectuels parallèles. Son troisième signataire, le physicien spécialiste de modélisation Sébastien Jaeger, qui travaille lui aussi au Centre d’immunologie de Marseille-Luminy, est venu apporter au duo du philosophe et de l’immunologiste la formalisation mathématique de leur théorie.

La réponse immunitaire, soutiennent les trois chercheurs, n’est pas déclenchée par l’exposition au non-soi, mais par la variation soudaine des motifs moléculaires – la discontinuité – auxquels le système immunitaire est exposé. Cette variation peut être de nature qualitative, ce qui est le cas lorsque le non-soi d’un agent pathogène inconnu pénètre dans l’organisme.

Mais aussi quantitative, que ce soit dans le temps (comme lorsqu’une des espèces bactériennes de la flore intestinale connaît soudain une rapide croissance, à la suite d’une antibiothérapie ayant éliminé les autres espèces) ou dans l’espace (des bactéries normalement présentes dans les poumons causent ainsi des méningites lorsqu’elles font irruption dans le liquide céphalo-rachidien dans lequel baigne le cerveau).

EXPLICATION DE PHÉNOMÈNES ININTELLIGIBLES

« Notre théorie de la discontinuité ne va pas contre la théorie du soi et du non-soi, mais l’englobe dans un cadre plus large, qui permet de comprendre des phénomènes que l’on ne pouvait expliquer », souligne Eric Vivier. Une des vertus de la théorie de la discontinuité est de montrer les difficultés du système immunitaire à faire face à des infections chroniques, mais aussi à l’apparition de tumeurs formées de cellules modifiées qui devraient, selon la théorie du soi et du non-soi,être reconnues comme étrangères au corps et détruites.

« La théorie de la discontinuité est importante, car elle permet d’expliquer des phénomènes inintelligibles dans le cadre de la théorie du soi et du non-soi, remarque l’immunologiste Edgardo Carosella, de l’hôpital Saint-Louis à Paris, mais il faut à présent aller vers l’expérience pour en tester la pertinence. Malheureusement, le financement de la recherche par projet, qui encourage les travaux appliqués, et l’organisation de la recherche française qui fait que, contrairement à ce qui se passe dans d’autres pays, les philosophes des sciences ne travaillent pas dans les laboratoires risquent d’empêcher d’avancer rapidement dans cette voie. »

Alain Trautmann, du département immunologie et hématologie de l’Institut Cochin (Paris), trouve intéressante l’insistance de la théorie de la discontinuité sur la cinétique des réponses immunitaires mais s’interroge sur le niveau d’organisation auquel elle est applicable. « La théorie me semble bien rendre compte de ce qui se passe au niveau élémentaire des cellules, mais pas au niveau du système immunitaire pris dans son ensemble, qui possède des propriétés émergentes et réagit à d’autres phénomènes que la discontinuité. »

De son côté, l’immunologiste Polly Matzinger, du National Institute of Allergy and Infectious Diseases américain, juge que« la théorie de la discontinuité est intéressante pour expliquer le fonctionnement des cellules NK et des macrophages [un autre type de cellules de l’immunité innée], mais [qu’]elle ne permet guère d’expliquer l’ensemble des données dont on dispose sur l’activation du système immunitaire, en particulier des lymphocytes ».

AFFAIBLISSEMENT DE LA RÉFLEXION THÉORIQUE

L’injection chez la souris, souligne la chercheuse, d’une quantité massive d’anticorps humains cause une réponse immunitaire s’ils sont agrégés entre eux, mais pas s’ils sont solubles. « Dans les deux cas, il y a discontinuité, mais il n’y a réponse immunitaire que dans un seul, ce qui montre que la discontinuité ne peut être le seul paramètre explicatif de l’induction d’une réponse immunitaire », observe l’immunologiste.

« L’intérêt d’une théorie est de pouvoir produire des prédictions que l’on peut tester expérimentalement », répond Eric Vivier. L’idée semble un lieu commun de philosophie des sciences, mais force est de constater que la course effrénée à la publication de nouvelles expériences, à laquelle on assiste depuis une dizaine d’années, s’est accompagnée d’un affaiblissement de la réflexion théorique en biologie.

A tel point que M. Vivier et ses collaborateurs ont dû argumenter, dans leur article de Nature Reviews Immunology,sur l’utilité des théories pour la recherche ! Que prédit la théorie de la discontinuité ? Que, dans les maladies auto-immunes, le motif biochimique du soi devenu immunogénique varie au cours de l’évolution de la maladie. Ou encore que les modifications non pathologiques du soi, telles que celles que l’on observe au moment de la puberté ou de la grossesse, se font de manière progressive, ce qui permettrait au système immunitaire de s’y habituer. Le trio du philosophe, du physicien et du biologiste réfléchit actuellement aux meilleures expériences à mener pour tester la validité de ces prédictions de la théorie de la discontinuité.

Cette collaboration inédite illustre en tout cas l’importance des enjeux philosophiques que porte l’immunologie. L’étude des subtilités moléculaires des lymphocytes et des anticorps pose en effet, en filigrane, des questions chères à la métaphysique : qu’est-ce qu’un individu ? Qu’est-ce qui fonde son unicité ? Son identité ?

Comme l’écrivait la médecin et philosophe Anne-Marie Moulin dans le Dictionnaire de la pensée médicale (PUF, 2004) : « L’immunologie contemporaine est une science biologique privilégiée en ce qu’elle suscite et alimente la réflexion philosophique sur le destin de l’organisme humain. Plusieurs des questions qui l’intéressent, la survie, l’identité, la naissance et la mort, sont des questions qui concernent à la fois le biologiste et le philosophe. »

L’immunologie contemporaine connaîtrait ainsi un retour à ses sources philosophiques. N’est-ce pas chez John Locke, dans son Essai sur l’entendement humain (1690), qu’apparaît pour la première fois le concept de soi ?

A lire :

Le microbiote, un élément protecteur essentiel

Thomas Pradeu : « La philosophie nourrit les sciences et se nourrit d’elles »

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Merci Jardinier pour cet article passionnant.

Pendant longtemps, les concepts de l'immunité étaient en effet basés sur des conceptions guerrières (les envahisseurs, les tueurs, les défenseurs...), par des chercheurs qui ne pouvaient imaginer la chose autrement que dans un champ de bataille. Ce n'était peut-être pas complètement faux, mais en projetant leurs propres fantasmes virils et militaires, dégoulinant de testostérone, dans le fonctionnement du corps, ils ont sans aucun doute simplifié à outrance les mécanismes réels de l'immunité, et installé des oeillères qui ont limité les observations plus objectives. Comme le souligne la philosophe dans la fin de l'article, le domaine de l'immunité se prête encore plus que les autres à faire l'objet de tous les fantasmes des uns et des autres, car posant des questions philosophiques fondamentales.

Le fait que ces conceptions soient de plus en plus "officiellement" dépassées me paraît une très bonne nouvelle car ce sont bien ces vieilles conceptions "guerrières", en pleine relance de la guerre froide et en traumatisme post-Vietnam qui ont permis "d'inventer" ce concept de VIH au début des années 80 - cet espèce d'agent infiltré et planqué désarmant inéluctablement et sournoisement, une à une et de l'intérieur, toutes les défenses armées, dans la parfaite continuité du climat paranoïaque qui régnait dans les relations USA-URSS de l'époque.

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