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Nico111

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Messages posté(e)s par Nico111

  1. Premier problème, il faut prouver que c'est un VIH. donc, on retombe sur le même problème que d'habitude. Et là, dessus, ce genre d'expérience ne prouve rien. Donc, tu ne peux pas dire que ce que tu as, c'est un VIH. Donc, je ne vois pas trop en quoi cette technique a un rapport avec la choucroute (ie. prouver que le VIH existe et qu'il est infectieux).

    Avant tout, je ne parle que du VIH défini par l'orthodoxie, il est caractérisé puisqu'on en fait un vecteur d'expression de gène autre donc on enlève certains de ces gène , on les remplace, on transfecte ce plasmide dans des cellules et on obtient des virus qui ensuite seront administrés à des cellules ou organisme pour exprimer la protéine que l'on veut. Donc oui c'est du VIH tel que l'entend l'orthodoxie, infectieux, exogène et on connait chacun des ses nucléotides.

    Deuxième problème, il faut que la technique de détection de la protéine soit fiable. Or, je suppose qu'on utilise la technique des tests d'anticorps pour déterminer que la protéine produite par les cellules est bien de la protéine introduite. Le problème, c'est qu'on sait bien que les tests en questions ne sont pas fiables parce que non spécifiques.

    Pas uniquement, tu peut faire exprimer par ce vecteur une protéine dite GFP qui est verte au UV, tu peux donc obtenir une souris verte après infection et passage au UV (c'est immonde je sais) par exemple. Ensuite bien sur que les tecniques sont spécifiques mais encore une fois il faut savoir si ce que tu cherches est bien ce que tu crois. J'adore d'ailleurs le "on", on croirait que le monde entier pense comme toi !

    Troisième problème. Bien sur que si qu'il faut une culture de controle. Il faut bien vérifier que les cellules ne produisent pas la protéine en question en temps ordinaire. Donc, pas de culture de controle, pas de validité des expériences en question.

    Lol , c'est de la thérapie, je n evois pas l'intérêt d'apporter une protéine si elle est déjà synthétisée normalement par l'organisme !

  2. Toutes ces citations ne prouvent qu'une seule chose en définitive (et cela, je ne le conteste pas et ne l'ai d'ailleurs jamais contesté), à savoir que sur base de modèles théoriques du "VIH", la science dispose de techniques suffisantes pour répliquer et même produire des hectolitres de ce que l'orthodoxie du sida considère comme étant du "VIH" (mais à tort, faute d'avoir pu l'isoler).

    Moi je ne connais que ce VIH, apparement sequencé des virus intégrés dans l'ADN de lymphocyte T infectée. Ca marche, ça donne des virus infectieux manipulables modifiables etc....mais si ça ne correspond pas à l'agent qui potentiellement serait crée lors du SIDA après stress oxydatif et bien alors il faut lui donner un autre nom ! Que veux tu que je te dises de plus. En tant qu'entité appelé VIH par l'orthodoxie, c'est un virus qui peut sortir des cellules et infecter d'autres cellules et faire exprimer ce que tu veux, c'est tout.

    A ce jour, il n'est toujours pas prouvé que le VIH est infectieux

    Le VIH de l'orthodoxie si, pas celui que tu considères ou qui n'existe peut être pas dans la pathologie SIDA. Effectivement alors, pour la suite isolation, etc......ça ne peut pas correspondre !

    parce l'orthodoxie du sida n'a toujours pas été en mesure de publier des photographies au microscope électronique de particules non mélangées à des cellules

    mélangé à des vésicules tu veux dire non ? dans la publi de 2006, c'est plutût pur, hustement leur technique de production permet d'éviter cela apparement.

    dont il est prouvé qu'elles ne sont pas produites par les techniques elles-mêmes de culture

    Je te dirais que je n'ai jamais vu une seule publi qui montre les images des cultures de contrôle pour la microscopie, ce n'est jamais montré.

    ayant les dimensions des particules rétrovirale

    Ils ont 120 nm +/- 14 ça correspond pas mal aux rétro qui sont aux environ de 100.

    et pourvues de piques et protubérances, c'est-à-dire de la gp120, sans lesquelles justement le VIH ne peut infecter une cellule.

    Il me semble qu'ils sont parti d'ADN sous forme de plamsides pour faire les stock don cje ne vois pas comment il n'y aurait pas la gp120.

    Non, je ne veux pas une liste d'abstracts, mais juste un papier complet (et pas un simple abstract hein) prouvant ce que tu as avancé plus haut.

    Tu veux des références, je t'en donne ! De toute façon, j'ai déjà utilisé un vecteur lentiviral à base HIV pour exprimer une protéine, je n'ai donc pas de doute sur l'infectiosité et la multiplication de ces vecteurs basés sur HIV !

    Et je veux un papier avec culture de controle bien sur (c'est que je te vois venir maintenant, gros malin)et la description de celle-ci (pas juste un truc du genre "si si, on l'a faite, je vous jure").

    de toute façon, pour ce qui est du domaine de transfert de gène avec des vecteurs lentiviraux, on en a rien à faire du contrôle de culture, ta protéine exogène est exprimée ou non, le reste on s'en fout !

    Je ne sais pas pourquoi, je crois que je vais attendre longtemps.

    effectivement, au moins une semaine !

  3. Ben, comme pour d'autres trucs, on veut des sources. Parce que comme d'habitude, tu affirmes, mais tu ne donnes pas de source pour qu'on puisse vérifier tes affirmations.

    Désolé, c'est vraiment pas beaucoup mais bon je ne vais pas passer 1 heure sur pubmed pour ça........

    Bartosch B, Cosset FL. Related Articles, Links

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    Curr Gene Ther. 2004 Dec;4(4):427-43. Review.

    Nightingale SJ, Hollis RP, Pepper KA, Petersen D, Yu XJ, Yang C, Bahner I, Kohn DB. Related Articles, Links

    Abstract Transient Gene Expression by Nonintegrating Lentiviral Vectors.

    Mol Ther. 2006 Mar 21;

    Torashima T, Okoyama S, Nishizaki T, Hirai H. Related Articles, Links

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    Brain Res. 2006 Apr 12;1082(1):11-22. Epub 2006 Mar 6.

    Cockrell AS, Ma H, Fu K, McCown TJ, Kafri T. Related Articles, Links

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    Mol Ther. 2006 Mar 1; [Epub ahead of print]

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    Free in PMC Coordinate enhancement of transgene transcription and translation in a lentiviral vector.

    Retrovirology. 2006 Feb 15;3:13.

    Janas J, Skowronski J, Van Aelst L.

    Lentiviral delivery of RNAi in hippocampal neurons.

    Methods Enzymol. 2006;406:593-605.

    PMID: 16472690 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    2: Vassalli G, Simeoni E, Li JP, Fleury S.

    Lentiviral gene transfer of the chemokine antagonist RANTES 9-68 prolongs heart

    graft survival.

    Transplantation. 2006 Jan 27;81(2):240-6.

    PMID: 16436968 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    3: Zeng L, Yang S, Wu C, Ye L, Lu Y.

    Effective transduction of primary mouse blood- and bone marrow-derived

    monocytes/macrophages by HIV-based defective lentiviral vectors.

    J Virol Methods. 2006 Jan 19; [Epub ahead of print]

    PMID: 16430973 [PubMed - as supplied by publisher]

    4: Pencalet P, Serguera C, Corti O, Privat A, Mallet J, Gimenez y Ribotta M. Integration of genetically modified adult astrocytes into the lesioned ratspinal cord.

    J Neurosci Res. 2006 Jan;83(1):61-7.

    PMID: 16294335 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    Jiang G, Li J, Zeng Z, Xian L.

    Lentivirus-Mediated Gene Therapy by Suppressing Survivin in BALB/c Nude Mice

    bearing Oral Squamous Cell Carcinoma.

    Cancer Biol Ther. 2006 Apr 22;5(4) [Epub ahead of print]

    PMID: 16575205 [PubMed - as supplied by publisher]

    2: Neumann J, Stitz J, Konig R, Seibold E, Norley S, Flory E, Cichutek K.

    Retroviral vectors for vaccine development: induction of HIV-1-specific humoral

    and cellular immune responses in rhesus macaques using a novel MLV(HIV-1)

    pseudotype vector.

    J Biotechnol. 2006 Mar 22; [Epub ahead of print]

    PMID: 16563543 [PubMed - as supplied by publisher]

    3: Simmons A, Robert WP, Kolokoltsov AA, Davey RA.

    Use of recombinant lentivirus pseudotyped with vesicular stomatitis virus

    glycoprotein G for efficient generation of human anti-cancer chimeric T cells by

    transduction of human peripheral blood lymphocytes in vitro.

    Virol J. 2006 Feb 28;3:8.

    PMID: 16507098 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    4: Lu FZ, Kitazawa Y, Hara Y, Jiang JY, Li XK.

    Long-term gene expression using the lentiviral vector in rat chondrocytes.

    Clin Orthop Relat Res. 2005 Oct;439:243-52.

    PMID: 16205166 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    5: Sinn PL, Burnight ER, Hickey MA, Blissard GW, McCray PB Jr.

    Persistent gene expression in mouse nasal epithelia following feline

    immunodeficiency virus-based vector gene transfer.

    J Virol. 2005 Oct;79(20):12818-27.

    PMID: 16188984 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    6: Strappe PM, Hampton DW, Cachon-Gonzalez B, Fawcett JW, Lever A.

    Delivery of a lentiviral vector in a Pluronic F127 gel to cells of the central

    nervous system.

    Eur J Pharm Biopharm. 2005 Oct;61(3):126-33. Epub 2005 Sep 8.

    PMID: 16154331 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    Beutelspacher SC, Ardjomand N, Tan PH, Patton GS, Larkin DF, George AJ,

    McClure MO.

    Comparison of HIV-1 and EIAV-based lentiviral vectors in corneal transduction.

    Exp Eye Res. 2005 Jun;80(6):787-94. Epub 2005 Jan 21.

    PMID: 15939034 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    2: Geraerts M, Michiels M, Baekelandt V, Debyser Z, Gijsbers R.

    Upscaling of lentiviral vector production by tangential flow filtration.

    J Gene Med. 2005 Oct;7(10):1299-310.

    PMID: 15906396 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    3: Romano G.

    Current development of lentiviral-mediated gene transfer.

    Drug News Perspect. 2005 Mar;18(2):128-34. Review.

    PMID: 15883621 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    4: Dupuy FP, Mouly E, Mesel-Lemoine M, Morel C, Abriol J, Cherai M, Baillou C,

    Negre D, Cosset FL, Klatzmann D, Lemoine FM.

    Lentiviral transduction of human hematopoietic cells by HIV-1- and SIV-based

    vectors containing a bicistronic cassette driven by various internal promoters.

    J Gene Med. 2005 Sep;7(9):1158-71.

    PMID: 15880619 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    5: Zhao J, Pettigrew GJ, Bolton EM, Murfitt CR, Carmichael A, Bradley JA, Lever

    AM.

    Lentivirus-mediated gene transfer of viral interleukin-10 delays but does not

    prevent cardiac allograft rejection.

    Gene Ther. 2005 Oct;12(20):1509-16.

    PMID: 15858608 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    6: Relander T, Johansson M, Olsson K, Ikeda Y, Takeuchi Y, Collins M, Richter

    J.

    Gene transfer to repopulating human CD34+ cells using amphotropic-, GALV-, or

    RD114-pseudotyped HIV-1-based vectors from stable producer cells.

    Mol Ther. 2005 Mar;11(3):452-9.

    PMID: 15727942 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    7: Yasui K, Furuta RA, Matsumoto K, Tani Y, Fujisawa J.

    HIV-1-derived self-inactivating lentivirus vector induces megakaryocyte

    lineage-specific gene expression.

    Microbes Infect. 2005 Feb;7(2):240-7. Epub 2005 Jan 21.

    PMID: 15725386 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    8: De Rijck J, Van Maele B, Debyser Z.

    Positional effects of the central DNA flap in HIV-1-derived lentiviral vectors.

    Biochem Biophys Res Commun. 2005 Mar 25;328(4):987-94.

    PMID: 15707975 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    9: Cefai D, Simeoni E, Ludunge KM, Driscoll R, von Segesser LK, Kappenberger L,

    Vassalli G.

    Multiply attenuated, self-inactivating lentiviral vectors efficiently transduce

    human coronary artery cells in vitro and rat arteries in vivo.

    J Mol Cell Cardiol. 2005 Feb;38(2):333-44. Epub 2005 Jan 27.

    PMID: 15698840 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    10: Ni Y, Sun S, Oparaocha I, Humeau L, Davis B, Cohen R, Binder G, Chang YN,

    Slepushkin V, Dropulic B.

    Generation of a packaging cell line for prolonged large-scale production of

    high-titer HIV-1-based lentiviral vector.

    J Gene Med. 2005 Jun;7(6):818-34. Erratum in: J Gene Med. 2005 Jun;7(6):835.

    PMID: 15693055 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    11: Leander Johansen J, Dago L, Tornoe J, Rosenblad C, Kusk P.

    A new versatile and compact lentiviral vector.

    Mol Biotechnol. 2005 Jan;29(1):47-56.

    PMID: 15668519 [PubMed - in process]

    12: Conklin LD, McAninch RE, Schulz D, Kaluza GL, LeMaire SA, Coselli JS,

    Raizner AE, Sutton RE.

    HIV-based vectors and angiogenesis following rabbit hindlimb ischemia.

    J Surg Res. 2005 Jan;123(1):55-66.

    PMID: 15652951 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    13: Li MJ, Rossi JJ.

    Lentiviral vector delivery of recombinant small interfering RNA expression

    cassettes.

    Methods Enzymol. 2005;392:218-26.

    PMID: 15644184 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    14: Logan AC, Nightingale SJ, Haas DL, Cho GJ, Pepper KA, Kohn DB.

    Factors influencing the titer and infectivity of lentiviral vectors.

    Hum Gene Ther. 2004 Oct;15(10):976-88.

    PMID: 15585113 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    15: Bartosch B, Cosset FL.

    Strategies for retargeted gene delivery using vectors derived from

    lentiviruses.

    Curr Gene Ther. 2004 Dec;4(4):427-43. Review.

    PMID: 15578992 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    16: Sena-Esteves M, Tebbets JC, Steffens S, Crombleholme T, Flake AW.

    Optimized large-scale production of high titer lentivirus vector pseudotypes.

    J Virol Methods. 2004 Dec 15;122(2):131-9.

    PMID: 15542136 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    17: Roche C, Zamora AJ, Taieb D, Lavaque E, Rasolonjanahary R, Dufour H, Bagnis

    C, Enjalbert A, Barlier A.

    Lentiviral vectors efficiently transduce human gonadotroph and somatotroph

    adenomas in vitro. Targeted expression of transgene by pituitary hormone

    promoters.

    J Endocrinol. 2004 Oct;183(1):217-33.

    PMID: 15525589 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    18: Kobayashi N, Arata T, Okitsu T, Ikeda H, Kobayashi K, Kosaka Y, Narushima

    M, Tanaka N, Lakey JR.

    Transduction of human islets with the lentiviral vector.

    Transplant Proc. 2004 Sep;36(7):2203-4.

    PMID: 15518800 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    19: Abad ML, Verdura T, Vela A, Iglesias MJ, Gutierrez D, Veiga M, Aguilera A,

    Regueiro BJ.

    Construction and characterization of a minimized version of the HIV-1 pNL4-3

    plasmid and its application for pseudotyping HIV-1 vectors.

    Mol Biotechnol. 2004 Oct;28(2):87-95.

    PMID: 15477647 [PubMed - indexed for MEDLINE]

    20: Lu X, Humeau L, Slepushkin V, Binder G, Yu Q, Slepushkina T, Chen Z,

    Merling R, Davis B, Chang YN, Dropulic B.

    Safe two-plasmid production for the first clinical lentivirus vector that

    achieves >99% transduction in primary cells using a one-step protocol.

    J Gene Med. 2004 Sep;6(9):963-73.

    PMID: 15352069 [PubMed - indexed for MEDLINE]

  4. Le VIH est il infectieux ? : oui puisqu'on peut infecter des cellules avec un VIH modifié qui contient à la place d'un de ses gènes une protéine autre et la faire exprimer dans ces cellules. C'est d'ailleurs les vecteurs rétrovirus qui sont à la base de pas mal de test de thérapie génique (dont les essais de Fisher il me semble). C'est également une particule qui peut sortir de la cellules puisqu'il se multiplie et qu'il est retrouvé dans le milieu de culture.

    Bien sur, ça n'empêche pas qu'il ne soit pas responsable du SIDA !

  5. POur ceux que ça motive un article très intéressant où ils font de la microscopie éléctronique" directement " avec des echantillons de patients : trachée pour grippe, urine pour CMV etc....

    Johnsen CK, Bottiger B, Blom J. Related Articles, Links

    Abstract Confirmation of electron microscopy results by direct testing of viruses adhered to grids using nucleic acid amplification techniques.

    J Virol Methods. 2006 Jan 14; [Epub ahead of print]

  6. La technique visuelle, par microscopie électronique pose le problème des particules de taille virale qui sont produites dans l'échantillon de controle.

    Mouais, à la rigueur pour les rétrovirus et plus particulièrement le vih mais cette publi :

    Briggs JA, Grunewald K, Glass B, Forster F, Krausslich HG, Fuller SD. Related Articles, Links

    Abstract The Mechanism of HIV-1 core assembly: insights from three-dimensional reconstructions of authentic virions.

    Structure. 2006 Jan;14(1):15-20.

    PMID: 16407061 [PubMed - in process]

    donne des virions sans vésicules contaminantes.

    Et la technique chimique est entachée de multiples biais qui la rendent non valide elle aussi.

    J'ai hate d'entendre les arguments.

    Au dela de ça j'aimerais que tout cela ne soit pas focalisé uniquement sur les rétrovirus et les problèmes spécifiques à cette famille, il y a plein de virus qui répondent à ce tant aimé postulat de Koch etc....J'espère pouvoir continuer à dicuter et répondre à tout cela dans 2 semaines.

  7. mais tu n'as pas été capable de nous fournir un papier sur le sujet de l'isolement ou des expériences sur tel ou tel virus, avec des expériences de controle.

    Lol ce n'est pas parce que je n'ai pas encore répondu que je n'en suis pas capable ! Je n'ai vraiment que peu de temps en ce moment mais je répondrai sur le topic "et si les virus n'existaient pas" et là aussi.

    Quant à ton hypothèse Wallypat elle est extrêment intéressante. Je te répondrai également mais je te précise déjà qu'il n'y a pas à la base 2 sous populations de T4 TH1 ou TH2 . Cette différentiation des T4 ne se fait qu'après réponse à des stimulus provenant des cellules qui présentent les antigènes après infection.

  8. i l'herpes était lié à la santé du système immunitaire, les séropositifs présentant un système immunitaire affaibli et ayant été diagnostiqués positifs à l'herpes devraient avoir des "boutons de fièvre" en permanence. Ce n'est pas le cas.

    Positif à l'herpès ? lequel ? CMV ? pas la même chose.

    Le système immunitaire ne se résume pas aux fameux T4, une pléiade d'autres cellules sont impliquées dans les défenses et jouent un rôle très important. Les séropositifs avec T4 bas ne développent pas le bouton en permanence mais est ce que ce taux reflète les T4 dans les tissus ? Est ce que les T4 sont à la base du contrôle de l'herpès ? Il est effectivement troublant que ceux à faible taux T4 n'attrapent pas tout ce qui passe mais ils développent des maladies comme rétinité à CMV ou candidose ou pneumocystis en plus grande proportion non ? En plus pareil, il n'y a pas que les T4.

    J'ai également bien précisé : "diminution des défenses ou modifications des signaux cellulaires" bien lire OU car le virus herpès étant dans les neurones je ne sais pas si les T4 peuvent bien contrôler sa multiplication brutale. Les signaux dus aux chemokines etc sont suffisantes à activer la multiplication du virus sans que le système immuniatire ait le temps de répondre.

  9. Mais Viduité,

    pourquoi l'herpès serait-il uniquement dû à un virus?

    D'ailleurs ce demi aveu officiel (cela vient d'un site très officiel) jette bien un trouble sur la recherche actuelle qui considère la pathogénie de tous les troubles émergeants comme étant due à des agents extérieurs pouvant être répliqués (les virus)... mais jamais, ô grand jamais, on ne s'intéressera à la causalité chimique (ou biochimique, c'est la même chose), qui à mon avis, est à la source de toutes les maladies. Une scarlatine par exemple, qui exprimera le streptocoque hémolytique, est d'abord due à un déséquilibre physicochimique du métabolisme.

    Je ne vois souvent pas où est la contradiction entre désordre physico chilmique et virus/maladie. Dans le cas d'une poussée d'herpès vous savez que cela peut arriver en cas de choc, stress, fatigue importante etc.... donc signaux de stress dans l'organisme, diminution des défenses ou modifications des signaux cellulaires ce qui peut permettre au virus de passer en phase de réplication d'où le fameux "bouton de fièvre" (j'adore ce tour de passe passe pour ne pas mentionner herpès). On voit bien que les deux sont liés . Après on peut traiter les deux phases mais ça peut être trop tard pour l'une des deux.

  10. Donc, aucun problème avec la méthode PCR

    Ce n'est pas la méthode qui pèche mais comment tu l'utilise pour détecter quoi avec quelles amorces. Je me répète encore et encore.

    Et à toutes les étapes du truc, il n'y a aucun problème ou si peu.

    Tout est question de mise au point.

    Et tu dis que tes expériences montrent que ce que tu obtiens est forcément une chose virale, puisque on ne retrouve pas dans l'échantillon de controle, ce qu'on trouve dans l'échantillon ou est sensé être le virus.

    Après PCR (avant RT) j'obtiens un produit avec une taille qui pour supposer qu'un virus ou autre est présent doit correspondre à une taille précise que j'ai déterminée avec mes deux amorces. Ensuit epour confirmer si c'est le virus que je cherche , je séquence le produit PCR et je le compare avec mes séquences de références. Donc non le PCR ne me permet pas d'affirmer que c'est du virus, il faut entre autre séquencer le produit PCR.

    Et comme les virologues ont des méthodes standardisées et que ce sont des gens sérieux

    Comme dans toutes les professions, tu as de tout.

    la même chose a été faite pour le VIH et est même faite quasi quotidiennement pour l'étudier.

    Ben au moins pour étuider sa variabilité j'imagine ! Ce n'est pas parce ce que le virus serait endogène ou autre qu'il ne peut pas être détecté ou séquencé.

    Seulement voilà, pour le VIH, on sait qu'il y a des gens qui ont une charge virale, alors qu'il n'ont aucune raison d'avoir le "virus" en eux.

    pas super convaincant le "aucune raison d'avoir", évite de supposer.

    Donc, puisque, selon toi, la méthode PCR est super spécifique

    De ce que tu cherches oui mais si ce que tu cherches n'est pas ce que tu crois......

    Problème : la chose en question est clairement un élément endogène puisque des gens qui ne sont clairement pas en contact avec le "virus", possèdent cette chose dans leur sang

    Et alors où est le défaut de la PCR, elle ne fait que détecter ce que tu cherches avec les amorces voulues. C'est un peu comme accuser son ordi de ne pas marcher ou de planter , c'est pourtant tout le temps la faute de l'utilisateur non icon_smile.gif ?

    sa présence est du coup liée aux conditions dans lesquelles vivent les cellules. Donc, lors de l'étape 1, celle où on cultive les cellules, si les conditions de culture sont les mêmes, normalement, on devrait retrouver des particules, aussi bien dans la culture du "virus", que dans la culture de controle (sans "virus"). Or, d'après ce que tu dis, ça n'arrive apparemment pas.

    Pige pas trop.

    Donc, soit il y a un problème dans la méthode PCR, soit dans le protocole de l'expérience, soit dans la façon d'appliquer le protocole ou un des deux ou les trois.

    ....ou simplement on n'identifie pas ce que l'on croit !

    Eh oui, les 3 étapes (culture de cellule, broyat, et mesure PCR sur la population) étant liées, il suffit qu'une seule montre que la particule recherchée est endogène pour que les deux autres étapes soient invalidées en tant que preuve d'un agent exogène viral.

    Ce n'est pas parce que c'est endogène que ce n'est pas délètère ou que ce soit un marqueur de maladie ou les conséquences de la maladie. Ensuite le vih peut se propager et il peut être une entité infectieuse exogène à part entière.

    Tant qu'on reste dans les labos avec des gens qui peuvent soutenir que tout va bien madame la marquise et qu'il n'y a aucun défaut à la méthode, difficile de savoir ce qu'il en est. Mais, avec la troisième étape, ce biais disparait, et on peut voir que les méthode décrites comme correctes sont loin de l'être.

    En core une fois tu utilises une méthode pour savoir si quelque chose est présent ou non, tu l'utilises correctement ou non. Tu peux truquer des images, des vidéos, est ce pour cela que les logiciels utilisés pour le faire sont mauvais ???????

    Bref, ça m'étonnerais beaucoup que tes expériences soient si nickel que ça.

    4-ptdrasrpt.gif Affirmation gratuite, non fondée, n'engageant que toi et ne concernant donc que toi. Bref un peu inutile quoi.

    Dans tout ça, ce qui pourrait être sauvé, paradoxalement, c'est la méthode PCR.

    4-bravo.gif YEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEES tu aurais compris ce que je voulais dire.

    Mais, si le protocole ou la façon de l'appliquer a un défaut fatal, alors, le doute est porté sur le reste des méthodes utilisées, dont la méthode PCR.

    hum.gif mouais finalement peut être pas tant que ça........

  11. Sinon, si on dit qu'il y a vih parce qu'il y a ces protéines, puis que le vih les produit, il y a là un argument circulaire dont la logique m'échappe

    "puis que le vih les produit " , je ne vois pas trop ce que tu veux dire mais idem qu'avant, si ce pathogène n'existe pas ce test n'a aucune valeur, à la rigueur un des anticorps ciblant une de ses protéines peut croiser avec une protéine cellulaire ou d'un autre pathogène mais pas toutes !!!!!

  12. que les anticorps détectés au dessus du cutoff sont ceux du vih, et ceux détectés au-dessous ne le sont pas?

    Que si tu es sure que le pathogène qui provoquerait cette maladie est bien responsable et qu'il est bien caractérisé. Mais de toute façon tu auras toujours une incertitude sur un faible % de gens , il faut donc combiner les tests et les symptomes. Et c'est pareil pour tous les diagnostics viraux, pas seulement pour le vih.

  13. Les tests de diagnostics ne sont jamais fiables à 100% , que ce soit pour HIV ou non et le mot arbitrary ne concerne "que" l'endroit où les courbes se chevauchent. Là forcément on est aux limites de la technique c'est comme ça. Le tout est d'obtenir un test dont le chevauchement faux positif/positif ou faux négatif/négatif soit le plus faible possible. Ca parait peut être fou de se dire qu'on a 5% de faux postif par exemple mais un seul test ne suffit pas et on doit aussi prendre en compte les symptomes etc......

    PS: désolé Cheminot mais je ne fais que survoler le forum en ce moment et je n'ai pas le temps de me plonger dans les articles que tu m'as cité sur AZT mais bientôt ça ira mieux !

  14. Ben, je sais pas, c'est toi qui me dis qu'on peut "amplifier une séquence de levure avec une amorce faite pour l'ADN humain". Et là, il ne s'agit pas de contaminant, mais simplement du fait que la méthode PCR n'est pas spécifique (ou pas assez).

    Dans de TRES rares cas de protéines très conservées. Ce n'est pas que ta méthode PCR en soi n'est pas spécifique, c'est que tu as utilisé des amorces qui amplifient une protéine conservée entre la levure et l'homme (et encore il faut tomber dessus car la séquence n'est pas 100% identique).

    Ben justement. Si l'écart de température entre l'obtention de ce que l'on veut et le rien du tout est si faible, la fourchette dans laquelle se joue le fait que le lien imparfait saute ou pas est extrêmement réduite. Donc, on ne doit pas tellement pouvoir jouer sur la température pour éliminer les mauvaises liaisons tout en gardant celles avec les ADN cibles.

    Les cas de figures sont multiples. Moi par exemple,en général, si j'amplifie des morceaux de virus à 40 degrés pour l'hybridation j'ai du non spécifique. A 45 moins de bandes spé , à 50 plus de non spé , à 55 en général j'obtiens toujours la bande d'ADN que j'attend sans bande contaminante non spé. Donc un petit écart de temp peut beaucoup jouer mais si tu continues à augmenter la temp ta réaction marche toujours et tu n'as plus de non spé donc c'est bon.

    Mais, quand même, on ne fait pas l'expérience avec tous les ADN ou ARN qui pourraient se lier avec l'ADN ou ARN amorce

    On travaille sur environ 5 à 10 lignées de céllules différentes plus sur moustiques et rats/souris. Quand on extrait l'ARN global de cellules ou de tissus infectés on a beacoup mais beaucoup plus d'ARN des cellules que d'ARN viruax (au moins 1000 fois plus) mais ça n'em^peche pas d'obtenir uniquement ce qu'on cherche avec les amorces spé et la bonne temp. Contrôle nég non infecté ne donne rien bien sur. Ca te suffit ?

    Ce que je dis, c'est, supposons que tu as des ADN cibles et des ADN non cibles et que l'amorce se lie aussi bien avec l'un qu'avec l'autre

    Alors t'es mal barré ! faut changer l'amorce.

    Alors, il se peut très bien qu'il n'y ait que l'ADN non cible en fait. Et que malgré la température, l'ADN non cible reste lié avec l'amorce. Et là, tu obtiens un résultat alors qu'il n'y a pas d'ADN cible au départ. Le fait qu'il y ait très peu de matériel fait que ça peut se jouer à peu de choses. Il peut y avoir 10 ADN non cibles, et aucun ADN cible, mais la présence de l'ADN non cible, même en très faible quantité, fait réagir le test alors qu'il n'y a rien de ce qu'on cherche. Du coup, ça entraine une forte incertitude sur la validité des résultats.

    Oui mais là tu supposes que les amorces ne sont pas spé donc c'est de toute façon mort. d'où la présence des contrôles négatifs non infectés, non malades. Si ça sort aussi avec ta PCR alors amorces à la poubelle et si tu suppose que l'amorce au lieu d'être spécifique du pathogène ne fait que cibler des ARN cellulaires en fait alors bien sur ta manip ne veut rien dire, tu ressortiras tout le temps une réaction positive.

    Le problème, c'est que, pour savoir si les amorces sont spécifiques de ce que tu recherches, il faut tester je ne sais pas combien de millier ou de centaines de milliers d'ADN ou ARN différents. Tu ne peux pas dire que ton amorce est spécifique tant que tu n'as pas montré qu'elle ne réagit pas avec d'autres ADN ou ARN.

    Voir ci-dessus on a plein de cellules différentes et un extrait d'ARN cellulaire contient des milliers, milions ? d'ARN différents.

    dans des conditions où il y aurait beaucoup de cellules différentes (un test de charge virale par exemple), il n'y aurait pas d'autres ADN ou ARN faisant réagir le test.

    Il ya beaucoup de cellules différentes lors du test de charge viral ? Bof pas tant que ça. Ce test se fait par PCR quantitative je crois mais je ne sais pas le protocole précis. De toute façon idem il suffit de faire le contrôle avec des échantillons que l'on suppose non infecté. Si c'est aussi positif alors test à la poubelle.

    Tu parles de broyats d'organes infectés, seulement, est-ce qu'à ce moment là, on fait des tests de controle avec un autre broyat ? Et même avec beaucoup d'autres broyats ? Parce que, si ça se joue avec très peu de cellules, un échantillon peut aussi ne pas en contenir.

    Lol à ton avis ????????? en général on travaille par lot de 3 souris, non infectées , infectées etc..... Sur cerveau, rate , foie rein, poumon et autre encore. Et ça a été fait et refait.

    Sinon, qu'est-ce que tu entends par bande contaminante ?

    En PCR basique, je veux par exemple détecter si mon virus est là, je prend deux amorces qui hybrident dans son ARN . Si ça marche je dois obtenir une bande d'ADN après RT PCR d'une taille X par rapport à ce que j esais de son génome . Quand je fais migrer la RT PCR sur un gel d'agarose pour séparer en fonction de la taille les morceaux d4ADN éventuellement amplifiés je dois obtenir une bande à la taille X. Si j'ai autre chose à d'autre taille ça doit être soit une amplification non spé ou alors que je n'ai amplifié qu'une partie de l'ARN que je recheche. A voir avec le contrôle nég.

    Ce qui pose encore le problème des échantillons de controle et de leur nombre. On peut tomber sur une échantillon de controle qui ne va pas réagir. Il faudrait donc plusieurs centaines d'échantillons de controle pour être sur qu'on a bien un truc spécifique.

    Ton échantillon de contrôle te donne du positif ? alors manip à la poubelle et tu refais. Quant à établir un diagnostic eh bien oui il faut tester avec pleins d'échantillons (au - 500-1000 en général)

    Selon ce que tu dis, il ne peut pas y avoir de faux positifs avec la méthode PCR, quelque soit l'étape (culture de cellules, broyat d'animaux de laboratoire, échantillons sanguins d'animal ou d'humain lambas)

    Non on peux avoir du faux positif, on peut ne jamais se débarasser de bandes cobtaminantes malgré des amorces spé. A toi alors de changer d'amorce ou de conditions de PCR.

    Donc, comme il est clair qu'il y a des faux positifs dans le cas des séropositifs au VIH (des gens qui n'ont jamais été en contact avec le virus ont une charge virale), soit c'est parce que la chose qu'on détecte n'est pas virale (une particule de stress par exemple, ou autre chose), soit parce que la méthode PCR déconne

    OUi parce que tes amorces ne sont pas complètement spé par exemple. Si ta PCR peut être positive si un autre pathogène infecte les cellules ç'est un autre problème. Si tes cellules sont absolument saine et que c'est positif alors test à la poubelle.

    Au niveau de la lignée cellulaire, il va probablement y avoir peu de cellules différentes (susceptibles de réagir avec les amorces alors que ce ne sont pas des ADN cibles), ce qui rend moins valable la procédure de controle. On peut penser aussi que le nombre d'échantillons non infectés reste assez faible. Rendant là aussi moins valable la procédure de controle.

    non si tu trouves pareil avec les animaux infectés, et en plus tu ne fais pas qu'une PCR tu fais plein d'autres test sur les protiénes virales , si un effet destructeur des cellules, etc...ça ne repose pas que sur un pauvre test PCR , on ne fais un diagnostic que quand le virus est bien caractérisé. S'il ne l'est pas bien sur.......

    Selon toi, dans ce cas, c'est forcément parce que la méthode PCR ne détecte par un virus mais une particule autre. Donc, pour toi, la méthode PCR reste valable.

    ce sont tes amorces qui ciblent autre chose. Il faut en changer , vu la taille du génome viral c'est possible. Si tu n'y arrives pas, et que c'est toujours positif alors il faut se poser des questions sur la validité de ton virus.

    selon ce que tu dis, il ne peut pas y avoir de faux positifs avec la méthode PCR, quelque soit l'étape (culture de cellules, broyat d'animaux de laboratoire, échantillons sanguins d'animal ou d'humain lambas). Selon toi, la méthode PCR est ultra spécifique. Donc, comme il est clair qu'il y a des faux positifs dans le cas des séropositifs au VIH (des gens qui n'ont jamais été en contact avec le virus ont une charge virale), soit c'est parce que la chose qu'on détecte n'est pas virale (une particule de stress par exemple, ou autre chose), soit parce que la méthode PCR déconne. Selon toi, dans ce cas, c'est forcément parce que la méthode PCR ne détecte par un virus mais une particule autre. Donc, pour toi, la méthode PCR reste valable. Seulement, le problème, c'est que ça devrait se répercuter aux étape antérieures. Il y a des particules de stress dans les broyats et dans les cultures de cellules, puisqu'on détecte quelque chose avec le test PCR (la même chose que ce qu'on détecte chez des individus lambdas). Donc, il n'y a pas de problème d'absence de ces particules à ces étapes là. Et du coup, on ne voit pas pourquoi il n'y aurait pas de particules de stress dans les broyats et dans les cultures de cellules de controle (puisque ce sont des particules endogènes, des conditions similaires de culture devraient produire les mêms particules). Et donc, on ne voit pas pourquoi la PCR ne réagirait pas aussi dans les échantillons de controle. Si ça ne le fait pas, c'est donc bien qu'il y a un problème avec la méthode PCR, ou alors dans le protocole d'expérimentation ou alors, parce qu'on n'applique pas la méthode PCR aux échantillons de controle, ou alors, qu'il n'y a tout simplement pas d'échantillon de controle.

    Je suis désolé si je radotte, j'ai l'impression de répéter la même chose. J'ai du mal à te répondre ou me faire comprendre il me semble car là ton raisonnement fait comme si tous les contrôles étaient positifs. Certaines personnes répondent positifs à ce test alors qu'ils ne sont pas infectés mais pour autant c'est une très faible partie parmi les personnes testées et les raisons peuvent être multiples. Si lors de la mise au point de ton test les echantilons non infectés sont négatifs, si tu as des faux positifs ensuite alors c'est que le patient a surement un problème (stress particulier, infection autre , médoc etc...) mais il ne faut pas s'arrêter qu'à un seul test , on doit regarder les symptomes + différents tests.

    Donc, il y a un problème sur l'expérience faite avec les cultures de cellules (et les broyats)

    Perso j e n'en ai pas.

    Et comme, selon toi, la méthodologie est standardisée et donc reprise par tous les virologues

    La PCR est une méthode mais il faut adapter les amorces les conditions etc.....

    et que les expérimentateurs sont des gens sérieux

    Faut espérer mais comme d'hab le 100% n'existe pas!

    si ça déconne pour le VIH, ça peut déconner potentiellement partout, sur toutes les expériences faites avec des virus.

    Pas sur un travail expériemental en général .Qu'il y ait un très faible % de faux positifs dans des échantillons de diagnoqtic ? oui la bio ce n'est pas un science exacte, il faut identifier les sources de faux positifs. Si ta spécificité de diagnostic est par exemple de plus de 95 % = moins de 5% de faux + dans les test (c'est environ le mini accepté je crois) c'est bon non ?

    Je m'arrête , il est tard , j'ai peur de ne pas avoir su me faire bien comprendre mais bon ne pas hésiter à me faire préciser.

  15. Oui, donc, ça pose problème quand même, non ? Si on peut amplifier une séquence de levure avec une amorce faite pour l'ADN humain, c'est un peu gênant tout de même (même s'il faut que le gène ait été bien conservé).

    Lol ouais possible dans de très rares cas et encore. C'est marrant parce que globalement ce que tu me dis là c'est la théorie et en pratique je te dirais que non, on ne détecte pas comme ça n'importe quoi , quelques réglages et on élimine le plus souvent les contaminants.

    Le fait que la chaleur fasse sauter la liaison si celle-ci n'est pas parfaite, c'est la théorie.

    Théorie oui mais je peux t'assurer q'un seul malheureux degré peut faire qu'on obtient ce que l'on veut ou rien du tout.

    Faudrait là aussi voir s'il y a des documents le confirmant (je ne parle pas dans l'absolu, bien sur, mais dans les conditions de l'expérience, c'est à dire qu'on a des ADN cibles identifiés qui ne vont pas se détacher de l'amorce à la température T et des ADN non cibles qui se sont liés avec les amorces et qui vont s'en détacher à la dite température T). Il est tout à fait possible qu'un certain nombre de liaisons non voulues reste en place. Et quand on travaille avec si peu de matériel génétique, la moindre incertitude peut tout foutre en l'air.

    Plus tu augmentes la temp. plus tu es spécifique car un mauvais appariement de ton amorce sur las séquence cible va sauter de plus en plus facilement et c'est drastique. La faible quantité de matériel n'est pas un problème (jusqu'à un certain point bien sur) car la PCR fait 2puissanceN copies par pcr avec n=nombre de cycles et la moyenne c'est 30 alors fait un peu le calcul même en partant de 10 copies de ce que tu recherches. Encore une fois le problème c'est les amorces et leur spécificité, la méthode PCR n'est pas en cause.

    Si on estime qu'il y a 100 cellules dans la soupe qu'on analyse et que les amorces puissent se lier à 100 ou 200 cellules par erreur, ben, au final, il se peut très bien qu'il n'y ait eu aucune cellule telle que celle qu'on recherchait et que tout ce qui a été amplifié l'ait été par erreur.

    ???? pareil, amorces sont elles spécifiques de ce que tu cherches et as tu fais les bons réglages, en plus le contrôle négatif est là pour savoir si tu es spécifique ou pas. Quant au fait que ce soit une soupe de cellules avec pleins de trucs aucuns problèmes le plus souvent, avec les bonnes amorce c'est ultra spécifique. Nous, on fait des RT pcr de cellules infectées et même de broyat d'organes infectées et dans la bouillie d'ARN extraits on obtient spécifiquement ce qu el'on cherche du matériel génétique du virus, sans bande contaminante.

    Oui, mais ça c'est en labo, lorsqu'on met au point la méthode PCR pour tel ADN ou ARN. Et on va se concentrer sur les cellules cibles (exemple, les cd4), pas sur une soupe de cellules (avec potentiellement d'autres cellulles que les cd4) et de débris divers. Pour savoir si c'est spécifique, il faudrait analyser des tonnes de cellules et débris différents. Je ne pense pas qu'on fasse ça.

    Et alors les techniques de diagnostic sont élaborées en labo d'abord sur des lignées cellulaires infectées puis on passe aux organes d'animaux infectés puis on finit avec des échantillons de fluides ou de tissus de personnes infectées (par exemple) pour vérifier le test , sa spécificité etc......Ici on va dire que HIV infecte principalement les T4 donc on prend le sang d'un patient, on isole les cellules et on extrait l'ARN (ça c'est de la soupe non?) et on pratique la PCR. Tu veux aller voir d'autres cellules ? soit mais quel est l'intérêt si le virus ne les infecte pas ? tu vas me dire et si on détecte un signal non spé dans ces cellules ? eh bien c'est que les amorces ne sont pas si spé que ça mais en quoi ça remet en question le test sur le T4 SI avec des T4 non infectés on n'obtient rien en PCR ????? Bien sur il faut savoir sur quoi on travaille, si le VIH n'existe pas ou ne provoque pas cette pathologie alors ton test ne veut rien dire, il reflète effectivement autre chose (stress oxydatif, apoptose, etc.....) mais la technique de PCR est hors de cause, ce n'est qu'un outil très puissant, à toi de te débrouiller pour avoi rquelque chose de spécifique et de propre, de savoir sur quoi tu travaille et si l'hypothèse de travail est fausse forcément ça fout le test en l'air, pas la technique..

  16. Je n'ai suivi ces problèmes de molécules oxydantes type AZT que de loin mais je vais y jeter un coup d'oeil ce week end avec les liens que tu as mis. Par contre mettre une note dans Nature, c'est plutôt très chaud. Quelle expérience as tu de la publication dans ces types de journaux ? Au labo on a pu sortir un Cell : le boulôt le valait mais on a galéré comme des fous pendant des mois pour le faire accepter car les referees dans ces journaux élitistes n'envisagent souvent le sujet proposé que d'un seul point de vue et pour les faire envisager l'autre c'est pas gagné. En plus sans appui avec une personne influente qui a déjà publié dedans c'est encore plus dur sinon il faut avoir un truc vraiment exellent. Là comme c'est pour s'opposer à ce qui a pu être publié ou discuté ça me parait vraiment très délicat mais pourquoi ne pas tenter, ça ne coute pas grand chose.

  17. Effectivement très bon ! et malheureusement c'est totalement vrai :

    nous permettent d'envisager favorablement la participation à d'autres colloques créant ainsi une saine dynamique dans la recherche des financements

    Tu rigoles mais c'est aussi vrai pour certains chercheurs (j'en connais un d'ailleurs qui ne fait que des conférences et colloques mais pour ce qui est des résultats il collabore beaucoup pour en obtenir "à lui" !!!!)

  18. Toi qui est scientifique ca ne te fait pas bizarre quand tu lis des grandes phrases poetique, des affirmation totalements empirique!

    Mais à toi de faire la part des choses ! Bien sûr sur ce site il y des trucs qui me font hurler de rire (par example Lanka et ses virus qui ne peuvent pas être en couleur, oui désolé j'ai encore craqué mais c'est trop bon), ou qui sont irrationnelles etc....mais d'autres sont tout à fait plausibles (et en particulier le problème VIH-SIDA) et d'autres tout à fait valables. Regarde de plus près, peu de choses sont noires ou blanches. L'effet placébo est indéniable, la psychologie face à la maladie est déterminante, les molécules naturelles ont encore beaucoup à nous apprendre etc.....On te donneras de arguments, valables ou non mais tu te rends bien compte que pour critiquer ces arguments il te faut un certain recul, une expérience (pratique, scientifique, ou les deux). Il y a des sujets où je suis incapable de trancher à l'heure actuelle et pourtant j'ai une formation scientifique plutôt importante (mais il me manque encore plusieurs années d'expérience). Il y a la théorie et les faits en pratique, à toi d'esayer de concilier les deux.

  19. Hum......je ne pense pas que votre discussion va déboucher sur grand chose..... Que veux tu Dongiovanni, le milieu médical, pharmaceutique n'est au final que comme les autres milieux (financiers, politiques etc....) : ils y a des bons , des mauvais , des planqués, des révolutionnaires, des usurpateurs et ainsi de suite. Toi seul déterminera ce que tu seras comme médecin en fonction de ce que tu as appris, de ce que tu veux faire plus tard (gagner un max de fric, ne pas faire de garde , aller en campagne, faire urgentiste) , de ton ouverure d'esprit , de ta curiosité.....C'est déjà bien, tu es déjà sur ce forum et tu le lis, après bien sur à toi de te faire une opinion.

    Franchement, ne le prend pas comme de la condescendance mais tu as besoin d'avancer un peu plus dans les études pour avoir un recul un peu plus important (et malheureusement souvent ça ne suffit pas vraiment) et pouvoir faire la comparaision entre théorie et pratique.

    Ensuite on nous apprend strictement le contraire a la fac : remettre tout en question...

    Les couloirs de la fac ce n'est pas du tout les couloirs du vatican!

    On peut avancer des hypothèses osée (on ne sera sanctionné) mais du moment qu'elles sont fondées et qu'on peut argumenter dans ce sens!

    Tu oublies un détail qui fait pourtant toute la différence : tu es étudiant donc au pire les profs te riront au nez si tu remets en question par exemple les cas de SIDA sont dus au VIH ou est ce que le VIH existe. Ca c'est parce que tu n'es encore qu'un "bleu" et qu'il faut bien que jeunesse se passe, come ils diront tu es encore ignorant. Mais quand tu auras ton diplome et que tu auras un patient en face, crois moi ce ne sera pas la même chose.

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